เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 ได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยขึ้นที่จังหวัดนราธิวาส นั่นก็คือ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ โดยเป็นมหาวิทยาลัยที่จัดการศึกษาด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี วิทยาศาสตร์สุขภาพและสังคมศาสตร์ที่ได้มาตรฐานสากล

คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ก็เป็นคณะหนึ่งที่จัดตั้งตามความปรัชญาของมหาวิทยาลัยคือ การผลิตบัณฑิตด้านสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพจากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ ประกอบกับการที่ประเทศไทยมีปัญหาด้านสุขภาพของประชาชนที่สำคัญคือ การขาดแคลนแพทย์ ทั้งจำนวนและการกระจาย โดยเฉพาะในส่วนภูมิภาค สิ้นปีพุทธศักราช 2545 ประเทศไทยมีจำนวนประชากร 62,779,872 คน แต่มีแพทย์ที่ทำงานจริงจำนวน 22,879 คน คิดเป็นสัดส่วนแพทย์ต่อประชากร 1:2,745 คน และแพทย์ส่วนใหญ่ยังกระจุกตัวอยู่ในกรุงเทพมหานคร และเมืองใหญ่ๆ เท่านั้น ดังนั้นพื้นที่ที่มีแพทย์ต่อประชากรน้อยคือส่วนภูมิภาคและพื้นที่ภาคใต้ของประเทศไทย โดยเฉพาะใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือ จังหวัดยะลา จังหวัดปัตตานี และจังหวัดนราธิวาส เป็นพื้นที่มีสัดส่วนแพทย์ต่อประชากรน้อยที่สุด[2]

ดังนั้นเพื่อสนับสนุนนโยบายรัฐบาลในการพัฒนาระบบบริการสุขภาพของประชาชน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ สภามหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ในการประชุมเมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 ซึ่งได้มีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ขึ้น โดยมี อาจารย์ นพ.สมัย ขาววิจิตร เป็นรักษาการคณบดีคนแรก โดยมีเป้าหมายในการรับนักศึกษาโดยตรงจาก 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือ จังหวัดนราธิวาส จังหวัดยะลา และจังหวัดปัตตานี เพื่อการแก้ปัญหาการขาดแคลนแพทย์อย่างรุนแรงในพื้นที่ และยังเป็นวัตกรรมทางการศึกษาที่กระจายโอกาสทางการศึกษา ส่งเสริมให้นักเรียนที่มีการเรียนสะสมดี มีโอกาสเข้าศึกษาและระดับอุดมศึกษา โดยเฉพาะคณะแพทยศาสตร์ ซึ่งเป็นการเชื่อมต่อระหว่างการศึกษาระดับมัธยมศึกษาและระดับอุดมศึกษาที่ดี และเป็นการสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลด้านความมั่นคง โดยการใช้การศึกษาเป็นกลยุทธ์หลักการแก้วิกฤติการณ์ปัญหาความรุนแรงพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ อันนำมาซึ่งความสมานฉันท์ ลดความขัดแย้ง รุนแรง และอยู่ร่วมกันอย่างสันติสุขภายใต้ความหลากหลายทางวิถีชีวิตและวัฒนธรรม[2]

ในช่วงแรกในการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ขึ้นนั้น มีปัญหาอุปสรรคมาก เพราะการสร้างคณะแพทยศาสตร์ต้องใช้ทุนจำนวนมหาศาล และต้องใช้เวลาเป็นนานในการสร้างคณาจารย์แพทย์ มิใช่ว่านึกอยากจะสร้างคณะแพทยศาสตร์ก็จะสร้างได้ง่ายๆ ซึ่งในขณะขนาดนั้นเองก็ดูเหมือนว่าคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ จะเป็นได้แค่ความฝันตอนกลางวัน เพราะหลักสูตรแพทยศาสตร์บัณฑิต ฉบับแรกที่เสนอขึ้นไปไม่ผ่านแพทยสภา มีการออกข่าวเตือนสังคมว่า หลักสูตรสถาบันแห่งนี้ไม่ได้มาตรฐาน ข่าวคราวที่สะพัดในอินเทอร์เน็ตทุกวี่ทุกวันว่า "จบแล้วทำงานเป็นหมอไม่ได้" คณะแพทยศาสตร์แห่งนี้ จึงถูกสาปแช่งให้ "ตายคลอด หรือ STILLBORN" คือเกิดปุ๊บตายปั๊บ

การจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ จึงต้องตั้งต้นใหม่อีกครั้ง โดยครั้งนี้ไม่ใช่เริ่มต้นจาก "ศูนย์" แต่กลับต้องตั้งต้นจาก "ติดลบ" ลำพังการตั้งท่ามกลางความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย ก็สุดแสนจะลำบากสาหัสอยู่แล้ว มิหนำซ้ำ ภาพลักษณ์ และความน่าเชื่อถือยังไม่มีเหลืออีกเลย แต่ทางมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ก็ได้พยายามทุกวิถีทางเพื่อจะให้สามารถเปิดคณะแพทยศาสตร์แห่งนี้ให้จงได้

กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 อาจารย์ นพ.สมัย ขาววิจิตร รักษาการคณบดีล้มป่วยกะทันหัน ไม่สามารถปฏิบัติพันธะหน้าที่คณบดีได้เต็มความสามารถ ท่านอธิการบดี ผศ.ดร.จงรัก พลาศัย จึงได้ทาบทามให้ พลอากาศเอก นพ.อวยชัย เปลื้องประสิทธิ ให้มาช่วยทำหน้าที่รองคณบดีปฏิบัติหน้าที่แทนคณบดี จนกว่า อาจารย์ นพ.สมัย ขาววิจิตร จะหายป่วยและกลับคืนมาเป็นคณบดีได้อย่างเต็มที่

ต่อมาภายหลัง พลอากาศเอก นพ.อวยชัย เปลื้องประสิทธิ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาการคณบดี ด้วยความแน่วแน่ในอุดมการณ์ของท่าน และกัลยาณมิตรมากมาย จึงสามารถปรับปรุง แก้ไข และผลักดัน จนหลักสูตรแพทยศาสตร์บัณฑิต มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ได้รับความเห็นชอบจากแพทยสภา โดยผ่านการอนุมัติจากแพทยสภา เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 ทำให้คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ได้เปิดสอนหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต โดยมีการเริ่มรับนักศึกษาแพทย์รุ่นที่ 1 ประจำปีการศึกษา 2550 จำนวน 16 คนเข้าศึกษาในวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2550 และในรุ่นต่อไป รุ่นละ 24 คน[3] [4]

โครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เป็นหนึ่งในคณะแพทยศาสตร์ 7 แห่งที่อยู่ภายใต้ "โครงการผลิตแพทย์เพิ่มสู่ภูมิภาค" อันเป็นความร่วมมือระหว่างกระทรวงศึกษาธิการ และกระทรวงสาธารณสุข

เนื่องด้วยมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์เป็นมหาวิทยาลัยใหม่ ประสบปัญหาทั้งด้านอาคาร สถานที่ครุภัณฑ์การศึกษา และบุคลากรผู้เชี่ยวชาญ คณะผู้บริหารจึงมีมติว่าในช่วง 3 ปีแรก (ปีการศึกษา 2550 ถึง 2552) ของการเปิดดำเนินการสอน ให้ส่งนักศึกษาแพทย์เข้ารับการศึกษาในช่วงชั้นเตรียมแพทย์และชั้นปรีคลินิก ณ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ ต่อมาในปีการศึกษา 2553 นักศึกษาแพทย์ รุ่นที่ 4 เป็นนักศึกษาแพทย์รุ่นแรก ที่ได้รับการศึกษาในชั้นเตรียมแพทย์ โดย คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เป็นต้นไป สำหรับชั้นปรีคลินิกยังคงให้คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ สอนต่อไปอีกระยะหนึ่ง

เมื่อปี พ.ศ. 2552 มีการจัดตั้งและเริ่มการก่อสร้าง โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ซึ่งสังกัดคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ และนักศึกษากลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมีวัตถุประสงค์คือเป็นสถาบันในการจัดการเรียนการสอนของคณะแพทยศาสตร์และคณะอื่นๆ ในสายวิทยาศาสตร์สุขภาพที่เกี่ยวข้อง ที่กำลังจะมีการจัดตั้งขึ้นต่อไปในอนาคต พร้อมทั้งรองรับหน่วยงานที่จะขึ้นต่อไป และที่สำคัญคือเป็นสถานที่บริการวิชาการทางด้านการแพทย์และสาธารณสุขแก่ประชาชนโดยทั่วไป[5]

ต่อมาในวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2553 ได้มาการจดทะเบียนจัดตั้ง มูลนิธิคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ ส่งเสริม สนับสนุนและพัฒนาการศึกษา การวิจัยทางการแพทย์และวิทยาศาสตร์การแพทย์, การบริหารจัดการที่เกี่ยวกับคณะแพทยศาสตร์, การจัดหาเครื่องมือทางการแพทย์และพัฒนาคุณภาพสถานบริการสาธารณสุขของคณะแพทยศาสตร์, ให้นักศึกษาแพทย์กู้ยืมโดยไม่คิดดอกผล ซึ่งเป็นทุนในระหว่างที่กำลังเป็นนักศึกษาแพทย์ของมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์, กิจการอื่นๆ ที่คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์เห็นควรหรือตามที่ผู้บริจาคหรือผู้มอบให้แจ้งวัตถุประสงค์ไว้, ดำเนินการเพื่อสาธารณประโยชน์หรือร่วมมือกับองค์กรการกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์[6]