วันที่ 20 มกราคม 2559 ที่ประชุมคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) มีมติเป็นเอกฉันท์ 7–0 ชี้มูลความผิดของบุญทรงกับพวก แบ่งเป็นนักการเมือง 3 คน เจ้าหน้าที่รัฐ 3 คนและเอกชน 15 คน รวมทั้งอภิชาติ จันทร์สกุลพร ตัวเลขของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวสรุปว่า โครงการดังกล่าวมียอดขาดทุนสะสม 6 แสนล้านบาท[1]

วันที่ 15 มีนาคม 2558 หลังได้รับสำนวนของ ป.ป.ช. ตระกูล วินิจนัยภาค อัยการสูงสุด สั่งยื่นฟ้องบุคคล ได้แก่ บุญทรง เตริยาภิรมย์ อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ ประธานอนุกรรมการพิจารณาระบายข้าว, ภูมิ สาระผล อดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพาณิชย์ ประธานอนุกรรมการพิจารณาระบายข้าว และอดีตผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง 3 คน, ข้าราชการการเมือง 3 คน นิติบุคคลและกรรมการบริษัทรวม 21 คน ตามความผิดพระราชบัญญัติว่าด้วยความผิดเกี่ยวกับการเสนอราคาต่อหน่วยงานรัฐ พ.ศ. 2542 มาตรา 4, 9, 10, 12 ประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 151 ฐานเป็นเจ้าพนักงานมีหน้าที่ซื้อ จัดการหรือรักษาทรัพย์ ใช้อำนาจโดยทุจริตสร้างความเสียหายแก่รัฐ และมาตรา 157 ฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่หรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือโดยทุจริตสร้างความเสียหายแก่ผู้หนึ่งผู้ใด และพระราชบัญญัติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. 2542 มาตรา 4, 123 และ 123/1 ซึ่งมีอัตราโทษสูงสุดถึงขั้นจำคุกตลอดชีวิต ศาลให้ประกันจำเลย วงเงินระหว่าง 5–20 ล้านบาท[2]

คำฟ้องมีว่าว่าจำเลยที่ 3 ถึงที่ 21 ซึ่งเป็นอดีตรัฐมนตรีว่าการ รัฐมนตรีช่วยว่าการ ข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ในกระทรวงพาณิชย์ และพ่อค้าข้าว ร่วมกันกระทำความผิดเกี่ยวกับการทำสัญญาขายข้าวให้แก่บริษัท Guangdong Stationery & Sporting Goods Import & Export Corporation ("บริษัทกวางตุ้ง") และบริษัท ไห่หนาน เกรน แอนด์ ออยล์ อินดัสเทรียล เทรดดิ้ง จำกัด ("บริษัทห่ายหนาน") ซึ่งเป็นรัฐวิสาหกิจของสาธารณรัฐประชาชนจีนรวม 4 สัญญา โดยอ้างว่าเป็นการซื้อขายแบบรัฐต่อรัฐ และขายในราคาต่ำกว่าท้องตลาดทำให้รัฐเสียหาย ความจริงเป็นการขายข้าวบางส่วนให้แก่พ่อค้าข้าวในประเทศเป็นการเสนอราคาซื้อขายโดยมุ่งหมายมิให้มีการแข่งขันราคาอย่างเป็นธรรม เป็นการใช้อำนาจในตำแหน่งโดยทุจริต เป็นการปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบเพื่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ งบประมาณแผ่นดิน หน่วยราชการที่เกี่ยวข้อง ประเทศชาติ และประชาชน ขอให้ลงโทษตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 83, 86, 91, 151, 157 และว่าด้วยความผิดเกี่ยวกับการเสนอราคาต่อหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2542 มาตรา 4, 9, 10, 12 และพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. 2542 มาตรา 4, 123, 123/1 และปรับจำเลยที่ 1 เป็นเงินร้อยละ 50 ของจำนวนเงินที่มีการทำสัญญา 2 สัญญา จำนวน 23,498 ล้านบาท และปรับจำเลยที่ 2 ถึงที่ 21 ร้อยละ 50 ของจำนวนเงินที่มีการทำสัญญาทั้ง 4 สัญญา จำนวน 35,274 ล้านบาท[3]

วันที่ 29 มิถุนายน 2558 จำเลยมาแสดงตัวครั้งแรกต่อองค์คณะผู้พิพากษา ขาดพันตรี นายแพทย์ ดร. วีระวุฒิ วัจนะพุกกะ อดีตผู้ช่วยเลขานุการ และอดีตเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ จำเลยที่ 3 และสุธี เชื่อมไธสง จำเลยที่ 16 ไม่มาศาลตามนัดมีพฤติการณ์หลบหนีคดี ศาลจึงให้ออกหมายจับและจำหน่ายคดีชั่วคราวของจำเลยทั้งสองไว้ตั้งแต่นั้น[2]

ต่อมาวันที่ 20 เมษายน 2559 ผู้ร้องทั้งห้าซึ่งเป็นส่วนราชการได้ยื่นคำร้องขอให้จำเลยที่ 7 ถึงที่ 28 ร่วมกันชดใช้ค่าสินไหมทดแทน 26,366 ล้านบาท คดีจึงกลายเป็นคดีแพ่งที่เกี่ยวเนื่องกับคดีอาญา

คดีนี้ศาลอนุญาตให้นำพยานโจทก์เข้าไต่สวน 27 ปาก พยานจำเลย 103 ปาก รวมพยาน 130 ปาก กำหนดนัดไต่สวน 20 นัด ไต่สวนพยานนัดแรกได้เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2559 ไต่สวนพยานนัดสุดท้ายแล้วเสร็จวันที่ 5 กรกฎาคม 2560