พ.อ.คมกฤช เป็นหนึ่งในผู้ร่วมสนธิกำลังกับทหารและตำรวจในสถานการณ์ความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย อาทิ:

วันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2552 พ.อ.คมกฤช เป็นหนึ่งในผู้ร่วมสนธิกำลังจำนวน 70 คน พร้อมอาวุธครบมือ โดยกฎอัยการศึก บุกตรวจค้นบ้านพักไม่มีเลขที่ ณ จังหวัดนราธิวาส กระทั่งมีการปะทะกัน จากเหตุการณ์ดังกล่าว มีผู้เสียชีวิต 4 คน รวบตัวได้ 2 คน และเจ้าหน้าที่บาดเจ็บ 1 คน[16]

ส่วนวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2556 พ.อ.คมกฤช เป็นหนึ่งในผู้ร่วมสนธิกำลังจำนวนกว่า 50 คน เข้าปิดล้อมตรวจค้นบ้านพักที่ต้องสงสัย ที่อำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส หลังสืบทราบว่ากองกำลังติดอาวุธของหนึ่งในแกนนำอาร์เคเคหลบซ่อนตัวเพื่อเตรียมก่อเหตุ และได้มีการยิงปะทะกัน กระทั่งตำรวจเสียชีวิต 2 นาย ส่วนกองกำลังติดอาวุธอาร์เคเคเสียชีวิต 4 คน (หนึ่งในนั้นคือเปเล่ดำ) และยอมมอบตัว 7 คน[15]

หลังจากสอบสวนผู้ต้องหาที่ยอมมอบตัวทั้ง 7 คน คมกฤช รัตนฉายา ได้ร่วมสนธิกำลังเข้าพิสูจน์ทราบ ณ แหล่งซุกซ่อนอาวุธปืน โดยเจ้าหน้าที่ได้กระจายกำลังและใช้สุนัขดมกลิ่น กระทั่งพบอาวุธปืนและอุปกรณ์ประกอบระเบิดแสวงเครื่อง พร้อมทำการเข้ายึดเพื่อป้องการการก่อเหตุ[13]

และในวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2560 พ.อ.คมกฤช เป็นหนึ่งในผู้นำกำลังร่วม 3 ฝ่าย จำนวนกว่า 70 คน เข้าปิดล้อมตรวจค้นบ้านร้างที่อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี เนื่องจากได้เบาะแสว่ากลุ่มก่อความไม่สงบได้เข้ามากบดาน และเกิดการยิงปะทะกัน กระทั่งผู้ก่อเหตุถูกวิสามัญฯ 2 ราย[17]