คลองฉะไกรใหญ่สามารถออกไปยังแม่น้ำเจ้าพระยาผ่านคลองฝางและคลองแกลบทางทิศตะวันตก[2] ส่วนคลองป่ามอนั้นเชื่อมระหว่างคลองฉะไกรใหญ่กับคลองฉะไกรน้อยทางทิศตะวันออก[2]

นอกจากนี้ยังมีคลองเล็ก ๆ สายหนึ่งแยกมาจากคลองฉะไกรใหญ่เรียกว่า คลองน้อย ที่ไหลเข้าสระแก้วพระคลังใน ในอดีตกรมวังจะอนุญาตให้พ่อค้าวานิชนำสินค้าจากต่างประเทศเข้าไปขายบริเวณสระแก้วเพื่อใช้หญิงชาววังออกมาซื้อสินค้าได้โดยสะดวก[1] และมีอีกคลองที่แยกจากคลองฉะไกรใหญ่คือ คลองนครบาล ชักน้ำไปที่บึงคุ้มขุนแผน[2] ซึ่งใช้สำหรับกักขังนักโทษ โดยเฉพาะบาทหลวงไว้บนเกาะกลางคลองนครบาลที่มีอยู่หลายเกาะ[7]