ความขัดแย้งทางการเมืองอันเป็นเหตุให้มีการเดินขบวนและชุมนุมประท้วงของประชาชนหลายครั้ง ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2548 ในสมัยรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร จนมีการยึดอำนาจรัฐโดยคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 เรื่อยมาจนถึงการชุมนุมประท้วงในปี พ.ศ. 2551-พ.ศ. 2552 ของกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยที่ต่อต้านรัฐบาลนายสมัคร สุนทรเวช และต่อมาการชุมนุมในสมัยรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ของกลุ่มแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ การชุมนุมของกลุ่มประชาชนเหล่านี้นำไปสู่การกล่าวหาและดำเนินคดีกับประชาชนจำนวนมาก ตลอดจนมีประชาชนเสียชีวิตและบาดเจ็บ ทรัพย์สินของทางราชการและเอกชนถูกเผาทำลาย ปรากฏการณ์ดังกล่าวสร้างความเสียหายทั้งทางด้านความมั่นคง การเมือง เศรษฐกิจ สังคม และบั่นทอนความรู้สึกอันดีที่มีต่อกันของคนในประเทศ ทำให้มีการพูดถึงแนวคิดเกี่ยวกับหลักการความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านกันบ่อยครั้งในสังคมไทย

รัฐบาลของนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ภายหลังเหตุการณ์การสลายการชุมนุมในปี พ.ศ. 2553 ได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นสอบสวนเหตุการณ์การสลายการชุมนุมที่ชื่อว่า คณะกรรมการอิสระตรวจสอบและค้นหาความจริงเพื่อการปรองดองแห่งชาติ หรือ คอป. ที่มี ศาสตราจารย์ ดร.คณิต ณ นคร เป็นประธาน คณะกรรมการดังกล่าวทำงานในช่วงรัฐบาล 2 ชุด คือ รัฐบาลอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ และมาถึงรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อย่างไรก็ตามคณะกรรมการดังกล่าวก็ไม่ได้มีอำนาจหน้าที่ในการนำข้อค้นพบดังกล่าวไปฟ้องศาลตามกระบวนการยุติธรรม เนื่องจากการดำเนินการตามกฎหมายนั้นเป็นหน้าที่ของกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ (DSI) สำหรับหลักการของการตั้ง คอป. และการดำเนินงานของ ดีเอสไอ ก็ได้มีการอ้างว่าเป็นการดำเนินการภายใต้หลักการเรื่องความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่าน

ท่ามกลางข้อถกเถียงในสังคมเรื่องแนวทางสร้างความปรองดองสมานฉันท์ มีการเสนอร่างกฎหมายที่เกี่ยวข้องกับปัญหาความขัดแย้งนี้ ทั้งสิ้น 7 ฉบับ ได้แก่

1. ร่างพระราชบัญญัติว่าด้วยความปรองดองแห่งชาติ พ.ศ. ...ที่มีพล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน กับคณะ เป็นผู้เสนอ
2. ร่างพระราชบัญญัติว่าด้วยความปรองดองแห่งชาติ พ.ศ. ...ที่มีนายนิยม วรปัญญา กับคณะ เป็นผู้เสนอ
3. ร่างพระราชบัญญัติว่าด้วยความปรองดองแห่งชาติ พ.ศ. ...ที่มีนายสามารถ แก้วมีชัย กับคณะ เป็นผู้เสนอ
4. ร่างพระราชบัญญัติว่าด้วยความปรองดองแห่งชาติ พ.ศ. ...ที่มีนายณัฐวุฒิ ใสยเกื้อ กับคณะ เป็นผู้เสนอ
5. ร่างพระราชบัญญัติการปรองดองแห่งชาติ พ.ศ. ...ที่มีนายพีรพันธุ์ พาลุสุข กับคณะ เป็นผู้เสนอ
6. ร่างพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมแก่ผู้ซึ่งกระทำความผิด เนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมืองของประชาชน พ.ศ. ...ที่มีนายนิยม วรปัญญา กับคณะ เป็นผู้เสนอ และ
7. ร่างพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมแก่ผู้ซึ่งกระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมืองของประชาชน พ.ศ. ...ที่มีนายวรชัย เหมะ กับคณะ เป็นผู้เสนอ

สภาผู้แทนราษฎรได้มีมติเห็นชอบรับหลักการร่างพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมแก่ผู้ซึ่งกระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมืองของประชาชน พ.ศ. ...ที่เสนอโดยนายวรชัย เหมมะ ผู้แทนราษฎรจากพรรคเพื่อไทย ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2556 ในการรับหลักการวาระที่ 1 เนื้อหาของร่างพระราชบัญญัติฯ ให้นิรโทษกรรมเฉพาะผู้ชุมนุมทางการเมือง โดยไม่รวมแกนนำและผู้สั่งการ แต่ในชั้นกรรมาธิการกลับถูกแปรญัตติจนกลายเป็นมีเนื้อหาให้ครอบคลุมถึงบุคคลอื่น รวมถึง พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร นายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ และนายสุเทพ เทือกสุบรรณ และย้อนเวลาให้ครอบคลุมเหตุการณ์ในปี พ.ศ. 2547 กระทั่งคดีความในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2556 ประเด็นที่ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างมากคือ การที่สภาผู้แทนราษฎรมีมติรับรองร่างพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าวด้วยกระบวนการที่รวบรัด โดยผ่านความเห็นชอบวาระ 2 และ วาระ 3 ตอนตี 4 ของวันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ. 2556 ความไม่พอใจในเนื้อหาและกระบวนการผ่านร่างพระราชบัญญัติ ทำให้มีเสียงคัดค้านจากญาติผู้สูญเสียจากเหตุการณ์ปี พ.ศ. 2553 และจากประชาชนในวงกว้างจากทุกเฉดสีทั้งคนเสื้อเหลืองและเสื้อแดง โดยให้ฉายาว่าเป็นร่างพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมแบบสุดซอย หรือ เหมาเข่ง

กระแสต่อต้านที่รุนแรงทั้งจากฝ่ายที่เห็นว่าเป็นการล้างผิดต่อคดีคอร์รัปชั่น และฝ่ายที่ไม่พอใจเพราะเป็นการไม่ดำเนินคดีเอาผิดกับผู้สั่งการและใช้อำนาจรัฐอย่างรุนแรงเกินขอบเขต ยังผลให้ประชาชนถึงแก่ชีวิต รวมถึงเป็นการยอมรับการรัฐประหารที่ผ่านมา ทำให้วุฒิสภามีมติคว่ำร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ และรัฐบาลมีมติถอนร่างพระราชบัญญัติทั้ง 6 ฉบับที่เหลือออกจากวาระการประชุมสภา และสัญญาว่าจะไม่นำร่างพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมใดๆ เข้าสู่การพิจารณาอีก ตลอดระยะเวลาการเป็นรัฐบาล

ความล้มเหลวในการออกพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมในครั้งนี้ ชี้ให้เห็นว่าชนชั้นนำในการเมืองไทยไม่ได้นำแนวคิดและหลักการของการนิรโทษกรรม (Amnesty) และความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านมาใช้ มุ่งหวังเพียงแต่การยกโทษให้กันเองในหมู่ชนชั้นนำที่ต่างได้กระทำความผิด จึงกลายเป็นการตอกย้ำความเจ็บปวดให้แก่เหยื่อ-ญาติและสร้างรอยแผลเป็นแก่สังคม การบิดเบือนหลักการของการนิรโทษกรรมและความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่าน นอกจากจะทำให้ผู้ชุมนุมทางการเมืองที่ถูกคุมขัง และกำลังถูกฟ้องร้องดำเนินคดี เสียโอกาสที่จะได้รับเสรีภาพตามที่ควรจะเป็นแล้ว ยังทำให้สังคมไทยไม่สามารถก้าวข้ามความขัดแย้งเพื่อปลูกฝังประชาธิปไตยให้เติบโตได้อย่างยั่งยืน

ประเทศที่นำแนวคิดเรื่องความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านมาใช้ เนื่องจากกระบวนการยุติธรรมตามระบบเดิมในประเทศนั้นมีข้อจำกัดไม่สามารถจัดการกับความขัดแย้งที่ดำรงอยู่ได้ เพราะปัญหามีความซับซ้อน และมีผู้เกี่ยวข้องจำนวนมาก ทั้งที่เป็นเหยื่อ ญาติ และผู้กระทำผิด การลงโทษทางอาญาอย่างเดียวไม่สามารถทำให้สังคมก้าวข้ามความขัดแย้งได้ แต่พึงเข้าใจว่า ความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านมิได้เป็นเพียงรูปแบบพิเศษของความยุติธรรม หากแต่เป็นความยุติธรรมที่ถูกปรับให้เข้ากับสังคมที่อยู่ในช่วงของการปรับตัวและเปลี่ยนแปลง หลังจากผ่านช่วงเวลาแห่งความขัดแย้ง จลาจล และมีการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างกว้างขวาง การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวอาจเกิดขึ้นโดยกะทันหันทันทีหรืออาจใช้เวลายาวนาน รัฐบาล ประชาสังคม และภาคส่วนอื่นๆ ต้องร่วมใจกันตระหนักในปัญหาที่เกิดขึ้นและจัดการสะสางกับปัญหาที่เกี่ยวข้องกับความอยุติธรรมในอดีต เพื่อให้สังคมสามารถเปลี่ยนผ่านไปสู่ระบบที่มีความยุติธรรมเป็นพื้นฐาน ไม่ว่าจะเป็นความยุติธรรมทางอาญา (criminal justice) ความยุติธรรมทางเพศ (gender justice) และ การปฏิรูปสถาบัน (institutional reform) เป็นต้น