ที่มาของความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านสามารถสืบย้อนกลับไปได้ถึงหลังสงครามโลกครั้งที่สองที่มีฝ่ายสัมพันธ์มิตรตั้งการไต่สวนขึ้นที่นูเรมเบิร์ก (Nuremberg Trial) เพื่อพิจารณาโทษของทหารเยอรมันและทหารญี่ปุ่นที่เป็นผู้ก่อสงครามและทำอาชญากรรมต่อมนุษยชาติ โดยเหยื่อที่สำคัญก็คือชาวยิวในกรณีของทหารเยอรมัน ส่วนในกรณีญี่ปุ่นก็คือชาวจีน และชาวเกาหลี ต่อมาในช่วงทศวรรษ 1980 ก็ได้มีการตั้งการไต่สวนเผด็จการทหารที่ทารุณกรรมต่อพลเมืองฝ่ายตรงข้ามในช่วงสงครามกลางเมืองในกรีซ (Greek Junta)

อย่างไรก็ดี แนวคิดเกี่ยวกับความยุติธรรมในการเปลี่ยนผ่าน ได้ถูกนำมาสู่การถกเถียงกันอย่างจริงจังอีกครั้งหนึ่งจากกระแสของการที่ประเทศต่างๆ จำนวนมากที่เคยเป็นประเทศที่ใช้ระบอบเผด็จการได้กลายมาเป็นประเทศประชาธิปไตยในช่วงหลังสงครามเย็น เนื่องจากแต่ละประเทศที่เคยปกครองระบอบเผด็จการมักจะมีอดีตหรือประวัติศาสตร์ที่ผู้นำหรือรัฐบาลใช้กำลังปราบปรามประชาชนอย่างรุนแรง และเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงมาสู่ระบอบประชาธิปไตยก็ได้มีการรื้อฟื้นหรือสอบสวนถึงเหตุการณ์ต่างๆภายในอดีตกันอย่างมากมาย ซึ่งพวกนักทฤษฎีประชาธิปไตยหลายคนอย่างเช่น ฮันติงตัน (Samuel Huntington) ก็ได้ตั้งข้อสังเกตว่า ตัวชี้วัดหนึ่งที่ประเทศต่างๆ จะเป็นประชาธิปไตยได้นั้นจำเป็นที่จะต้องมีการวางรากฐานเรื่องสิทธิมนุษยชนให้ยั่งยืน และการที่จะทำให้สิทธิมนุษยชนยั่งยืนได้รัฐก็จำเป็นจะต้องจัดการกับอดีตที่โหดร้ายและหาคนมาลงโทษเสียก่อน

ความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านถูกนำมาใช้ในประเทศแถบลาตินอเมริกา และในยุโรปตะวันออก ราวปลายทศวรรษ 1980 เพื่อเป็นมาตรการหนึ่งในการเอื้อให้ระบบการเมืองสามารถเคลื่อนต่อไปได้อย่างสันติ หลังเหตุการณ์ละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างกว้างขวางจากระบอบการปกครองแบบเก่า โดยวัตถุประสงค์หลักคือ ต้องการให้ความยุติธรรมเป็นจุดเริ่มต้นของศักราชใหม่ทางการเมือง ให้สังคมสามารถก้าวข้ามความขัดแย้งในลักษณะที่ทุกฝ่ายยอมรับร่วมกันได้ ความสำเร็จของการใช้ความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านในลาตินอเมริกาและยุโรปตะวันออก ทำให้แนวคิดนี้แพร่หลายไปทั่วโลก ประเทศที่มีความขัดแย้งอย่างรุนแรงและนำมาตรการนี้ไปใช้ เช่น แอฟริกาใต้ ติมอร์ตะวันออก อาร์เจนตินา ชิลี เอลซัลวาดอร์ เฮติ เป็นต้น[3][4]

ความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านไม่ได้มีรูปแบบตายตัว การนำไปใช้ขึ้นอยู่กับความเหมาะสมของแต่ละประเทศ สำหรับหลักการพื้นฐานในการที่จะสถาปนาความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่านนั้นมีอยู่ 5 หลักการ ได้แก่

1. ทำการสืบสวนสอบสวนข้อเท็จจริง (Truth Commission) และเปิดเผยความจริงให้เหยื่อ ครอบครัวของเหยื่อ และสังคมโดยรวมทราบเกี่ยวกับรายละเอียดและสาเหตุของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นอย่างเที่ยงตรง เพราะสังคมควรมีสิทธิที่จะเข้าถึงความจริง
2. ฟ้องร้องดำเนินคดีกับผู้กระทำผิด (Criminal Prosecutions) ซึ่งมีส่วนต้องรับผิดชอบต่อเหตุการณ์เลวร้ายที่เกิดขึ้น รวมถึงอาจต้องทำการคัดกรองเจ้าหน้าที่รัฐที่มีประวัติเลวร้ายในการละเมิดสิทธิมนุษยชนออกจากหน่วยงานของรัฐ และทำการปฏิรูปหน่วยงานความมั่นคงให้ปฏิบัติหน้าที่โดยเคารพหลักสิทธิมนุษยชน ซึ่งถือเป็นองค์ประกอบประการหนึ่งที่จะป้องกันไม่ให้เกิดเหตุการณ์ความรุนแรงขึ้นอีก (Mendez, 1997: 259-260)[5]
3. รัฐบาลต้องให้ความช่วยเหลือเพื่อเยียวยาและชดเชยให้กับเหยื่อที่ถูกทารุณกรรม ตลอดจนญาติของเหยื่ออย่างเหมาะสมเป็นธรรม (Restoration Programs)
4. ปฏิรูปสถาบันหรือองค์กร หรือ หน่วยงานที่มีส่วนรับผิดชอบต่อการละเมิดสิทธิมนุษยชน (Institution Reform) เช่น อำนาจรัฐ กองทัพ ตำรวจ สื่อสารมวลชน และกระบวนการยุติธรรมที่บกพร่อง ไม่สามารถจัดการกับคนกระทำผิดได้ เพื่อป้องกันไม่ให้ใช้ความรุนแรงต่อประชาชนได้อีก
5. สร้างกระบวนที่ทำให้สังคมยอมรับตระหนักรู้และระลึกถึงความเจ็บปวดของเหยื่อ (Memorialization of Victim) เพื่อกระตุ้นเตือนใจว่าเหตุการณ์เลวร้ายแบบเดิมไม่ควรเกิดขึ้นอีกในอนาคต ขณะเดียวกันก็เพื่อให้ผู้กระทำความผิดได้มีการขอโทษ และเหยื่อและญาติได้ให้อภัย อันจะเป็นการปูทางไปสู่การปรองดองสมานฉันท์ แทนการอาฆาตพยาบาทและการแก้แค้นไปมา