เมื่อปี พ.ศ. 2548 การค้าสองฝ่ายมีมูลค่าทั้งสิ้น 41,132 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพิ่มขึ้นจากมูลค่าการค้าสองฝ่ายเมื่อปีก่อน ร้อยละ 14.9 ซึ่งทางไทยได้ส่งออกไปยังญี่ปุ่นมูลค่า 15,096 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพิ่มขึ้นร้อยละ 11.8 และนำเข้าจากญี่ปุ่นมูลค่า 26,036 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพิ่มขึ้นร้อยละ 16.8

สินค้าที่นำเข้าจากญี่ปุ่นมากที่สุด เช่น แผงวงจรไฟฟ้า ส่วนประกอบรถยนต์ เหล็กแผ่นรีดร้อน ไดโอด ทรานซิสเตอร์ ส่วนประกอบเครื่องยนต์ เครื่องจักรที่ทำงานเป็นเอกเทศ ส่วนประกอบคอมพิวเตอร์ เหล็กแผ่นชุบ รถบรรทุก แบบหล่อสำหรับโลหะและวัสดุ และอื่น ๆ

สินค้าส่งออกจากไทยมี เครื่องคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์ ยางธรรมชาติ แผงวงจรไฟฟ้า ส่วนประกอบเครื่องมือสื่อสารโทรคมนาคม ไก่สดแช่เย็น เนื้อสัตว์ปรุงแต่ง อาหารทะเลแปรรูป ไดโอด ทรานซิสเตอร์ เครื่องรับโทรศัพท์และส่วนประกอบ เนื้อปลาสดแช่เย็น แช่แข็ง และอื่น ๆ

การลงทุนปีเมื่อปี 2548 ญี่ปุ่นได้ลงทุนในไทยมากเป็นอันดับหนึ่ง โดยมีมูลค่ารวมทั้งสิ้น 4,613.5 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพิ่มขึ้นจาก 2,680.1 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ในปี 2547 ซึ่งส่วนมากเป็นการลงทุนในสาขาผลิตภัณฑ์โลหะ รถยนต์ และเครื่องจักร คิดเป็นสัดส่วนร้อยละ 73.1 รองลงมาคือสาขาอิเล็กทรอนิกส์และเครื่องใช้ไฟฟ้า ร้อยละ 12.3 (ข้อมูลจากสำนักงาน BOI กรุงโตเกียว)