ชีวภาคของปานามาแล้วไปด้วยสัตวชาติ (fauna) และพฤกษชาติ (flora) จากทั้งอเมริกาเหนือและใต้เข้ามาใช้ชีวิตอยู่ในลักษณะทับซ้อนกัน (overlapping) เช่น มีนกมากกว่าห้าร้อยสายพันธุ์อาศัยอยู่ในท้องที่คอคอด

นอกจากนี้ เพราะมีเทือกเขายาวเหยียดตลอดคอคอด ภูมิอากาศฝั่งแอตแลนติก (ฝั่งทะเลแคริบเบียน) จึงชื้นเป็นปรกติ ขณะที่ฝั่งทะเลแปซิฟิกกลับแห้งและชื้นสลับกันไป ภูมิอากาศร้อนชื้นเช่นว่าเป็นปัจจัยหนึ่งที่นำพาให้สิ่งมีชีวิตหลายสายพันธุ์ที่มีสีสันแจ่มจ้าและร่างกายใหญ่โต ทั้งแมลง งูเงี้ยวเขี้ยวขอ นก ปลา และสัตว์เลื้อยคลานต่าง ๆ แห่เข้ามาอาศัยเป็นอันมากด้วย