ขณะแล่นเรือไปตามฝั่งทะเลแคริบเบียน บัสโก นูเญซ เด บัลโบอา (Vasco Núñez de Balboa) ขุนนางชาวสเปนคนหนึ่ง ได้ฟังชนพื้นเมืองร่ำลือถึง "ทะเลใต้" ครั้นวันที่ 25 กันยายน 1513 เขาก็ได้พบทะเลแปซิฟิก และในปี 1519 นครปานามาก็ก่อตั้งขึ้นริมชุมชนพื้นเมืองกลุ่มน้อยรายหาดแปซิฟิก ต่อมา เมื่อมีการค้นพบประเทศเปรูแล้ว นครปานามาก็เจริญเป็นเมืองท่าสำคัญและเป็นศูนย์กลางการปกครองในที่สุด ลุปี 1671 เฮนรี มอร์แกน (Henry Morgan) โจรสลัดชาวเวลส์ ล่องเรือมาจากฝั่งแคริบเบียนข้ามคอคอดปานามา แล้วเข้าทำลายนครจนถึงแก่ความพินาศ สมัยต่อมา จึงมีการย้ายนครไปที่คาบสมุทรน้อยแห่งหนึ่งทางตะวันตก และในปี 1997 องค์การการศึกษา วิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติประกาศยกซากนครปานามา ซึ่งบัดนี้เรียก "ปานามาเบียโค" (Panamá Viejo) ขึ้นเป็นมรดกโลก