โรคุโจ มิฮารุ นักเรียน มัธยมต้นที่แสนจะธรรมดา และไม่เคยใส่ใจกับเรื่องรอบตัว ทว่าในร่างกายของเขากลับมี ฮิจุทสึ (ศาสตร์ลับ) ที่แข็งแกร่งที่สุดนามว่า “ชินระบันโซ” ซึ่งเป็นศาสตร์ยิ่งใหญ่ที่ถูกสร้างโดยโลกแห่งนาบาริ (โลกนินจา) แต่ถึงกระนั้น มิฮารุก็ไม่อาจใช้ชิระบันโชเองได้ ในโลกนาบาริมีกลุ่ม “ไคโรชู” หนึ่งในนินจาจากหมู่บ้านอิงะซึ่งทรงอิทธิพล แม้ว่าจะอยู่ในยุคปัจจุบัน แต่ก็ได้เคลื่อนไหวเพื่อให้ได้มาซึ่งชิระบันโช อีกด้านหนึ่ง มิฮารุ ก็มี คุโมฮิระ โทบาริ ดูแรนดอล อาจารย์สอนภาษาอังกฤษของโรงเรียนมันธยมต้นบังเต็น และโคอิจิเพื่อนสนิทเป็นนินจาคอยคุ้มกัน มิฮารุได้พบกับ ไรเม หญิงสาวซามูไรจากหมู่บ้านฟูมะ ไรเมแนะนำให้มิฮารุไปหาผู้นำของฟูมะ เพื่อหาวิธีถอดชิระบันโชออกมาจากตัวมิฮารุ ทว่าเมื่อมิฮารุและพวกไปถึง กลับพอหมู่บ้านอยู่ในสภาพถูกโจมตี จากกลุ่มไคโรซู ซึ่งต้องการแย่งชิงคัมภีร์ศาสตร์ลับของฟูมะ ในการวิจัยเรื่องการถอดชิระบันโชจากมิฮารุ ที่นั่น กลุ่มของมิฮารุได้พบกับ โยอิเต ชายหมุ่มผู้ใช้คิระ ศาสตร์ลับต้องห้ามที่ทรงพลังมากที่สุดศาสตร์หนึ่ง ซึ่งต้องพันธนาการด้วยชีวิตตนเอง โยอิเตแข็งแกร่งมาก จนไม่มีใครต่อกรได้ ในที่สุดคัมภีร์ลับของฟูมะก็ถูกชิงไป หลังจากมิฮารุและพวกกลับมาจากฟูมะ แม้จะมีโคอิจิ และไรเมคอยคุ้มกัน แต่มิฮารุก็ถูกโยอิเตมาพาตัวไป โยอิเตอ้างว่าการที่เขาได้ใช้คิระใส่พวกพ้องของมิฮารุ เสมือนเป็นการฝังจิตใจของเขาลงไป ดังนั้นเมื่อเขาตาย พวกพ้องของมิฮารุก็จะตายด้วย โยอิเตต้องการให้มิฮารุใช้ชิระบันโช ในการลบตัวตนของเขาให้หายไปจากโลกใบนี้ ดังนั้นแล้ว มิฮารุจึงสัญญากับโยอิเตอย่างลับๆ ว่าทั้งสองคนจะช่วยกัน ทำให้มิฮารุสามารถใช้ชิระบันโชได้