ยาโคบีเกิดในตระกูลชาวยิวอัชเคนาซิในเมืองพ็อทซ์ดัมเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม ค.ศ. 1804 เขาเป็นลูกคนที่สองจากในสี่คนของซีม็อน ยาโคบี พี่ชายของเขา โมริทซ์ ฟ็อน ยาโคบี กลายเป็นที่รู้จักในภายหลังในฐานะวิศวกรและนักฟิสิกส์ ในขณะที่เขาเป็นคนแรกที่ได้รับการศึกษาที่บ้าน (home education) โดยเลมัน ลุงของเขาผู้สอนเขาในเรื่อง classical languages and elements of mathematics ในปี ค.ศ. 1816 ยาโคบี อายุ 12 ปี เขาได้เดินทางไปที่ Potsdam Gymnasium ซึ่งเป็นที่ที่นักเรียนเรียนเกี่ยวกับภาษาคลาสสิก ประวัติศาสตร์เยอรมันและคณิตศาสตร์ เนื่องจากยาโคบีได้รับการศึกษาที่ดีจากลุงของเขา ประกอบกับความสามารถพิเศษของตัวเขาเอง หลังจากนั้นไม่ถึงครึ่งปี เขาถูกย้ายไปเป็น senior ตั้งแต่อายุยังน้อย ๆ อย่างไรก็ตาม มหาวิทยาลัยไม่สามารถรับนักเรียนที่อายุต่ำกว่า 16 ปีอย่างเขาเข้ามาเรียนได้ เขาจึงต้องอยู่ในชั้นเรียนนั้นจนกระทั่ง ค.ศ. 1821 เขาใช้เวลานี้ในการพัฒนาความรู้ของเขา และแสดงความสนใจในทุก ๆ วิชา รวมทั้งภาษาละตินและภาษากรีก ประวัติศาสตร์ และคณิตศาสตร์ ในช่วงเวลานี้เป็นช่วงเวลาแรก ๆ ที่เขาพยายามในการแก้สมการพหุนามเอกพันธุ์หลายตัวแปร (quantic) โดยใช้กรณฑ์อันดับสอง (radicals)[2]

ในปี ค.ศ. 1821 ยาโคบีได้ไปเรียนที่มหาวิทยาลัยเบอร์ลิน ซึ่งเป็นที่แรกที่เขาให้ความสนใจกับการเรียนภาษาศาสตร์และคณิตศาสตร์ ยาโคบีไม่ได้ให้ความสนใจในวิชาคณิตศาสตร์มากนักในการเรียนอยู่ที่นี่ เนื่องจากคณิตศาสตร์ในประเทศเยอรมนีขณะนั้นอยู่ในระดับต่ำ ซึ่งเป็นพื้นฐานสำหรับเขามากเกินไป อย่างไรก็ตามเขายังคงศึกษาผลงานของออยเลอร์, ลากร็องฌ์ และลาปลัสด้วยตนเองอยู่ ในปี ค.ศ. 1823 เขาจำเป็นต้องตัดสินใจระหว่างความสนใจของเขาในการแข่งขัน หรือเลือกที่จะทุ่มเทความสนใจทั้งหมดให้กับคณิตศาสตร์[3] ในปีเดียวกันนี้ เขาก็มีสิทธิเข้าสอนในโรงเรียนมัธยมและได้รับการเสนอตำแหน่งที่ Joachimsthal Gymnasium ในกรุงเบอร์ลิน แต่เขาตัดสินใจที่จะทำงานต่อไปในมหาวิทยาลัยอยู่ ในปี ค.ศ. 1825 เขาได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิต และมีผลงานวิจัยเกี่ยวกับการแยกเศษส่วนออกเป็นเศษส่วนย่อย (The partial fraction decomposition of rational fractions) และเขาได้ทำงานวิจัยทันทีหลังจากเรียนจบปริญญาเอก (Habilitation) ในเวลาเดียวกันเขาก็เปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ ตอนนี้เขามีคุณสมบัติเพียงพอเพื่อสอนในระดับมหาวิทยาลัยแล้ว ซึ่งทำให้เขาได้เข้าบรรยายเรื่องทฤษฎีเส้นโค้งและพื้นผิว (Theory of curves and surfaces) ที่มหาวิทยาลัยเบอร์ลิน ในวัย 21 ปีเท่านั้น[3][4]

ในปี ค.ศ. 1827 เขาได้รับตำแหน่งเป็นศาสตราจารย์ และในปี ค.ศ. 1829 ยังดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์คณิตศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยเคอนิชส์แบร์คจนถึง ค.ศ. 1842 ยาโคบีทำงานหนักมากเกินไป ทำให้ในปี ค.ศ. 1843 เขาจึงเดินทางไปพักผ่อนที่ประเทศอิตาลีเพื่อฟื้นฟูสุขภาพ เมื่อเขากลับมาเขาย้ายไปอยู่เบอร์ลินซึ่งเขาอาศัยอยู่ในฐานะผู้รับบำนาญหลวงจนกระทั่งเสียชีวิต ยาโคบีเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1851 จากการติดเชื้อไข้ทรพิษ หลุมฝังศพของเขาถูกเก็บรักษาไว้ที่สุสาน Friedhof I der Dreifaltigkeits-Kirchengemeinde ในย่านคร็อยทซ์แบร์คของเบอร์ลิน