จระเข้ยุคปัจจุบันหรือเรียกตามภาษานักวิชาการว่าจระเข้ยุคใหม่นั้น โผล่หน้าขึ้นมาบนโลกเมื่อราว 90 ล้านปีก่อน เก่าแก่กว่ามนุษย์เมื่อ 2 ล้านปีที่ผ่านมานี้หลายเท่า จระเข้ยุคใหม่มีร่วมเผ่าพันธุ์อยู่ด้วยกัน 3 กลุ่ม ได้แก่ จระเข้ (น้ำจืด-น้ำเค็ม) อัลลิเกเตอร์ และตะโขง เริ่มที่ 248 ล้านปีก่อน ซึ่งเป็นยุคโบราณเทียบเท่ากับยุคไดโนเสาร์ ตรงกับช่วงต้น “มหายุคมีโซโซอิค (Mesozoic Era)” ซึ่งต้นตระกูลจระเข้ นั้นมีนามว่า “โปรเทอโรซูซุส (Proterosuchus)” จะมีลักษณะคล้ายคลึงกับ จระเข้ แต่ก็ไม่อาจที่จะเรียกเป็นจระเข้ได้เต็มตัว เพราะตามตำราแล้วถือว่ามันเป็นสัตว์เลื้อยคลาน (Reptile) ที่คล้ายจระเข้ เท่านั้น พวกจระเข้เต็มร้อยเริ่มปรากฏเมื่อตอนช่วงกึ่งกลางมหายุคมีโซโซอิคหรือ “ยุคจูราสสิก” (206 ถึง 144 ล้านปีก่อน) จะดำรงชีวิตอยู่ร่วมยุคกับไดโนเสาร์ที่กำลังรุ่งเรืองนั้นเอง จระเข้ โบราณรุ่นแรกเริ่มนั้นก็ได้แก่ “เมทรี-โอรินซุส (Metriorhynchus)” ซึ่งดำรงชีพอยู่ใต้ น้ำ มีความยาวประมาณ 3 เมตร ปลายหางบานเหมือนหางปลา แต่ขึ้นมาวางไข่บนบก อีกตัวหนึ่งเป็น จระเข้ยักษ์ “ซาร์โค-ซูซุส (Sarcosuchus)” จัดว่าเป็นขนาดใหญ่ที่สุดของทุกยุค เพราะยาวตั้ง 12 เมตร มีน้ำหนัก 10 ตัน ช่วง “ยุคครี-เตเชียส (Cretaceous)” (144 ถึง 65 ล้านปีก่อน) อันถัดจากยุคจูราสสิก และเป็นยุคปลีกย่อยสุดท้ายแห่งมหายุคมีโซโซอิค นั่นก็เพราะต้นตระกูลจระเข้ รุ่นใหม่ทวีจำนวนเพิ่มพงศ์เผ่าขึ้นอย่างมากมายในยุคนี้ ตัวที่น่าสนใจที่สุดนั้นก็คือ จระเข้ยักษ์ “ไดโนซูซุส (Dienosuchus)” มันเป็นญาติสนิท ตัวหนึ่งของจระเข้รุ่นปัจจุบัน ซึ่งเคยอยู่ร่วมกับไดโนเสาร์เมื่อ 70 กว่าล้านปีก่อน ก็เป็นจระเข้ยักษ์ตัวหนึ่ง ที่ยาวเหยียด 10 ถึง 12 เมตร น้ำหนักตั้ง 9 ตัน จะมีขนาดเท่ากับ “จระเข้ยักษ์ ซาร์โคซูซุส” บรรพบุรุษของมันสำหรับส่วนลักษณะภายนอกของ ไดโนซูซุสนั้นดูแล้วคล้ายจระเข้แม่น้ำไนล์ ซึ่งปกติชอบกินกุ้งหอยปูปลาเป็นพื้น และบางทีก็กินสัตว์ป่าที่ตัวใหญ่ด้วย เช่น ม้าลาย ในอดีต ด้วยเหตุที่ไดโนซูซุสมีขนาดเข้าขั้นจระเข้ยักษ์ มันจึงจู่โจมไดโนเสาร์ขนาดปานกลางที่มาใกล้ริมตลิ่งได้อย่างสบาย ๆ เช่น ไดโนเสาร์กินพืช “พาราซอโรลอฟอัส (Parasaurolophus)” ที่น้ำหนักเท่าช้าง (ราว 3 ตันครึ่ง) เทคนิคในการกินสัตว์ที่ขนาดใหญ่ คือ ลอยตัวเงียบกริบใต้ผิวน้ำตามลำน้ำหนองบึง หาเวลาเหมาะไดโนเสาร์ที่มาดื่มน้ำโดยไม่ระมัดระวัง มันก็กระโจนพุ่งตัวขึ้นงับติดแน่น แล้วลากไดโนเสาร์ลงน้ำ จนจมน้ำตายในที่สุด เชื่อกันว่าเจ้าไดโนซูซุส สามารถกระโจนได้ไกลเท่ากับความยาวของตัวมันเองเลยทีเดียว ดังนั้น แม้แต่ไดโนเสาร์ติดปีก “นิคโธซอรัส (Nyctosaurus)” ถ้าบินเฉียดผิวน้ำก็มีสิทธิ์โดนมันขย้ำลงไปงาบใต้น้ำได้ง่าย ๆ เช่นกัน ตอนปลายยุคมีโซโซอิค (65 ล้านปีก่อน) โลกที่โดนดาวเคราะห์น้อยพุ่งชนเข้าปังใหญ่ แค่ไม่กี่เดือนกี่ปีถัดมา บรรดาสัตว์ และพืชพรรณก็มีอันสูญ พันธุ์ไปเกือบครึ่งโลก เป็นต้นว่า ไดโนเสาร์หายไปหมด แต่จระเข้ บางชนิดยังอยู่รอดและขยายพันธุ์ไปทั่วโลก ซึ่ง ได้แก่ จระเข้น้ำจืด จระเข้น้ำเค็ม ตะโขง และอัลลิเกเตอร์ (หรือเคย์แมน) มาจนถึงปัจจุบัน[5]