จระเข้แคระมีการกระจายพันธุ์ในที่ลุ่มเขตร้อนของพื้นกึ่งซาฮารา ของแอฟริกาตะวันตกทางภาคตะวันตกของแอฟริกากลาง ซึ่งมีการกระจายพันธุ์ได้ซ้อนทับกับจระเข้ปากแหลมทางตะวันตกไกลถึงประเทศเซเนกัล ทางตะวันออกไกลถึงสาธารณรัฐแอฟริกากลาง และทางใต้ถึงประเทศแองโกลา ชนิดย่อย O. t. tetraspis ส่วนมากพบในทางตะวันตกของแหล่งการกระจายพันธุ์ ขณะที่ O. t. osborni พบในป่าฝนของสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโกเท่านั้น

จระเข้แคระอาศัยอยู่ในบ่อน้ำตามหนองบึง และพบตามแม่น้ำในป่าฝนบ้างเล็กน้อย มีบึนทึกว่าพบที่บ่อน้ำในทุ่งหญ้าสะวันนา ซึ่งมันจะขุดโพรงเพื่ออาศัยระหว่างฤดูแล้ง