จระเข้แคระเมื่อโตเต็มที่ยาวประมาณ 1.5 เมตร (5 ฟุต) ยาวสุดเท่าที่มีการบันทึกไว้คือ 1.9 เมตร (6.2 ฟุต) จระเข้โตเต็มวัยมีสีดำ ท้องเหลืองมีแต้มสีดำ จระเข้วัยอ่อนมีขีดสีน้ำตาลอ่อนบนลำตัวและหาง และลวดลายสีเหลืองบนหัว

เนื่องจากมีขนาดเล็กจึงมีความเสี่ยงในการล่า จระเข้ชนิดนี้จึงมีเกล็ดเป็นเกราะหนาบริเวณคอ หลัง และหาง และยังมีผิวหนังแข็งเป็นเกล็ด ที่ท้องและใต้ลำคอ

จระเข้แคระมีจมูกทื่อสั้น กว้าง คล้ายกับเคแมนแคระคูเวียร์ อาจเป็นเพราะอยู่ในสิ่งแวดล้อมที่คล้ายกัน ชุดฟันประกอบด้วยฟันส่วนหน้าของกระดูกขากรรไกรบน 4 ซี่ ฟัน 12 ถึง 13 ซี่บนขากรรไกรบน และฟัน 14 ถึง 15 ซี่บนกระดูกเดนทารี (Dentary)

O.t. tetraspis มีสีสว่างกว่า มีจุดมากกว่า จมูกไม่เชิดขึ้น และมีเกราะลำตัวมากกว่า O.t. osborni