หลังจากพระองค์ถูกคุมขังไว้ในตำหนักกลางทะเลสาบ พระนางซูสีไทเฮาก็ได้ส่งขันทีมารับใช้พระองค์แต่จุดประสงค์ที่แท้จริงของการส่งขันทีมาคือควบคุมไม่ให้พระองค์หลบหนีออกจากพระตำหนักและสอดส่องพฤติกรรมของพระองค์อย่างใกล้ชิด สถานการณ์ถึงขั้นวิกฤติถึงขั้นที่พระนางซูสีไทเฮาทรงบังคับให้พระองค์ทรงสละพระราชสมบัติแล้วพระนางซูสีไทเฮาจะทรงเลือกพระจักรพรรดิพระองค์ใหม่ด้วยตัวของพระนางเอง แต่อย่างไรก็ตามพระนางซูสีก็ไม่ได้บังคับให้พระจักรพรรดิสละราชสมบัติแต่ใช้วิธีการว่าราชการด้วยพระองค์เองแต่ใช้ศักราชกวังซฺวี่ไปจนกระทั่งสิ้นสุดรัชสมัยของพระจักรพรรดิ หลังจากนั้น พระองค์ทรงสูญเสียทั้ง เกียรติยศ,ความเคารพ,พระราชอำนาจและสิทธิต่างๆที่พระองค์ควรได้รับในฐานะเป็นองค์พระประมุข ผู้สนับสนุนการปฏิรูป100วันต่างลี้ภัยไปต่างประเทศ และก็มีบางส่วนที่ถูกประหารชีวิตเช่น ทาน ซื่อทุง ในขณะที่คัง โยวเว่ย ยังคงดำเนินการปฏิรูปต่อไปถึงแม้ว่าจะลี้ภัยอยู่ในต่างประเทศก็ตาม และ คังเองก็ยังมีความหวังในการฟื้นฟูพระราชอำนาจของพระจักรพรรดิ การรัฐบาลที่มีการจัดการที่ดีดังเช่นชาติตะวันตก และมีองค์พระจักรพรรดิเป็นศูนย์กลางของอำนาจเพียงอย่างเดียว และล้มพระนางซูสีไทเฮาซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของความอ่อนแอของประเทศ

และนั่นก็ยังเป็นข้อที่ถกเถียงกันในสมัยนั้นว่า จะยังคงศักราชกวังซฺวี่เอาไว้หรือไม่ โดยให้พระองค์มีฐานะเป็นเพียงประมุขของประเทศแต่เพียงในนาม โดยยังใช้ศักราชกวังซฺวี่เช่นเดิมหรือว่าจะถอดถอนองค์พระจักรพรรดิออกจากตำแหน่งแล้วแต่งตั้งพระจักรพรรดิพระองค์ใหม่ ซึ่งในที่ประชุมส่วนใหญ่เห็นด้วยกับความคิดอันหลัง แต่ยงลู่ได้ทัดทานการถอดถอนพระจักรพรรดิไว้ โดยถ้ามีการถอดถอนองค์พระจักรพรรดิขึ้น คาดว่า องค์ชายปูจุ๋น โอรสในองค์ชายตวน จะได้ขึ้นเป็นจักรพรรดิพระองค์ต่อไป

ในปี พ.ศ. 2443 พันธมิตร 8 ประเทศ ประกอบด้วยชาติตะวันตก 7 ประเทศและญี่ปุ่นได้บุกยึดกรุงปักกิ่งในวันที่ 14 สิงหาคม ตามที่จีนประกาศสงครามกับชาติพันธมิตร ซึ่งพระจักรพรรดิก็ได้ทรงทัดทานเรื่องนี้ไว้แต่ตอนแรกแล้ว แต่พระองค์ไม่มีพระราชอำนาจที่จะไปยับยั้งได้ และพระองค์ก็ได้เสด็จลี้ภัยไปพร้อมกับพระนางซูสีไทเฮาไปยังเมืองซีอานโดยทรงปลอมพระองค์เป็นสามัญชน

หลังจากที่ชาติพันธมิตรได้ถอนกำลังออกจากกรุงปักกิ่ง พระจักรพรรดิและพระนางซูสีไทเฮาก็ได้เสด็จฯกลับมาประทับที่พระราชวังต้องห้ามตามเดิม และพระองค์ทรงตะหนักดีว่าต่อไปนี้พระองค์ทรงต้องอยู่อย่างโดดเดี่ยว ดังนั้นในแต่ละวันพระองค์จึงทรงใช้เวลาส่วนใหญ่อยู่กับนาฬิกาหลายเรือนของพระองค์ ซึ่งเป็นงานอดิเรกครั้งที่พระองค์ยังทรงเยาว์ บางทีพระองค์อาจจะรอเวลาให้พระนางซูสีไทเฮาสิ้นพระชมน์และหลังจากนั้นพระองค์ก็จะได้ขึ้นเป็นพระจักรพรรดิที่มีพระราชอำนาจอย่างแท้จริงอีกครั้งหนึ่ง