จักรพรรดิอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงซีตาแห่งบูร์บง-ปาร์มา เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2454 ทั้งสองพระองค์มีพระราชโอรส 5 พระองค์ และพระราชธิดา 3 พระองค์ รวมทั้งสิ้น 8 พระองค์ ดังนี้

• อาร์ชดยุกออทโท ฟอน ฮาพส์บวร์ค ประสูติเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2455 ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงเรกีนาแห่งซัคเซิน-ไมนิงเงิน มีพระราชโอรส-ธิดา รวม 7 พระองค์

• อาร์ชดัชเชสอาเดลเลดแห่งออสเตรีย ประสูติเมื่อวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2457 สวรรคตเมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2514 ไม่ทรงอภิเษกสมรส

• อาร์ชดยุกโรเบิร์ตแห่งออสเตรีย-เอสต์ ประสูติเมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2458 สวรรคตเมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539 ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงมาเกอริต้าแห่งซาวอย-อ๊อสต้า มีพระราชโอรส-ธิดารวม 5 พระองค์

• อาร์ชดยุกเฟลิกซ์แห่งออสเตรีย ประสูติเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2459 ทรงอภิเษกสมรสกับ เจ้าหญิงแอนนา-ยูจีนี่แห่งอาเรนเบิร์ก มีพระราชโอรส-ธิดารวม 7 พระองค์

• อาร์ชดยุกคาร์ล ลุดวิกแห่งออสเตรีย (2461-2550) ประสูติเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2461 สวรรคตเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2550 ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงโยลันเดอแห่งลิกเน้ มีพระราชโอรส-ธิดารวม 4 พระองค์

• อาร์ชดยุก รูดอล์ฟ ซีรินกัส ปีเตอร์ คาร์ล ฟรันซ์ โยเซฟ โรเบิร์ต อ๊อตโต้ แอนโตนิอุส มาเรีย พิอุส เบเนดิกต์ อิกเนเชียส ลอว์เรนเชียส จัสติเนียนิ ประสูติเมื่อวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2462 ทรงอภิเษกสมรสครั้งแรกกับท่านเค้านท์เตส ซีเนีย แห่งเชอร์นิสชิว่า-เบโซบราซอฟ มีพระราชโอรส-ธิดารวม 4 พระองค์ ต่อมาทรงอภิเษกสมรสอีกครั้งกับเจ้าหญิงแอนนาแห่งเวรด มีพระราชธิดา 1 พระองค์

• อาร์ชดัชเชสชาร์ลอตแห่งออสเตรีย แกรนด์ดัชเชสแห่งเมคเลินบวร์ค ประสูติเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2464 สวรรคตเมื่อวันที่ 23 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 ทรงอภิเษกสมรสกับแกรนด์ดยุกจอร์ชที่ 2 แห่งเม็คเคลนบวร์ก-สเตรอลิตส์

• อาร์ชดัชเชสเอลีซาเบทแห่งออสเตรีย (ค.ศ. 1922–1993) ประสูติเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2465 สวรรคตเมื่อวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2536 ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าฟ้าชายเฮ็นริคแห่งลิกเตนสไตน์ มีพระราชโอรส-ธิดารวม 5 พระองค์