ตราบเท่าที่อำนาจของเอเธนส์ยังคงอยู่ พระองค์จะทรงไม่ยุ่งเกี่ยวกับกิจการของกรีก เมื่อ 413 ปีก่อนคริสตกาล เอเธนส์ได้สนับสนุนกลุ่มกบฏอามอร์เกสในคาเรีย กษัตริย์ดาริอุสที่ 2 คงจะไม่ตอบโต้ หากอำนาจของเอเธนส์ไม่ถูกทำลายในปีเดียวกันที่เมืองซีราคิวส์ ผลจากเหตุการณ์ดังกล่าว กษัตริย์ดาริอุสที่ 2 ทรงออกคำสั่งให้ข้าหลวงของพระองค์ในเอเชียไมเนอร์อย่างทิสซาเฟอร์เนส และฟาร์นาบาซุส ส่งเครื่องบรรณาการที่ค้างชำระจากเมืองต่างๆ ของกรีกและทรงเริ่มทำสงครามกับเอเธนส์ เพื่อสนับสนุนการทำสงครามกับเอเธนส์ ข้าหลวงแห่งเปอร์เซียได้เข้าเป็นพันธมิตรกับสปาร์ตา ใน 408 ปีก่อนคริสตกาล พระองค์ทรงส่งเจ้าชายไซรัส ซึ่งเป็นพระราชโอรสของพระองค์ไปยังเอเชียไมเนอร์ เพื่อทำสงครามด้วยพลังที่ยิ่งใหญ่กว่า

กษัตริย์ดาริอุสที่ 2 อาจจะทรงขับไล่เชื้อพระวงศ์กรีกหลายพระองค์ที่เคยปกครองเมืองต่างๆ ในไอโอเนีย พอซาเนียสได้เขียนว่าพระราชโอรสของเธมิสโทคลีส ซึ่งรวมถึงอาร์คีปโทลิส ผู้ว่าการมณพลแมกนีเซีย "ดูเหมือนจะเดินทางกลับไปเอเธนส์แล้ว" และได้อุทิศภาพวาดของเธมิสโตคลีสในวิหารพาร์เธนอนและสร้างรูปหล่อทองสัมฤทธิ์ถวายแด่อาร์ทิมิส ลิวโคฟรีเอเน เทพีแห่งแมกนีเซียบนอะโครโพลิส[5][6][7] ซึ่งทั้งหมดอาจจะกลับมาจากเอเชียไมเนอร์ในวัยชรา หลังจาก 412 ปีก่อนคริสตกาล เมื่อจักรวรรดิอะคีเมนิดได้เข้าควบคุมเมืองกรีกในเอเชียได้อย่างมั่นคงอีกครั้ง และบรรดาผู้ปกครองอาจจะถูกขับไล่โดยข้าหลวงแห่งอะคีเมนิดนามว่า ทิสซาเฟอร์เนส ในช่วงระหว่าง 412 ถึง 399 ปีก่อนคริสตกาล[5] ตั้งแต่ 414 ปีก่อนคริสตกาล กษัตริย์ดาริอุสที่ 2 ทรงเริ่มไม่พอพระทัยในอำนาจของเอเธนส์ที่เพิ่มขึ้นในทะเลอีเจียน และให้ทิสซาเฟอร์เนสเข้าร่วมเป็นพันธมิตรกับสปาร์ตาเพื่อต่อต้านเอเธนส์ ซึ่งในปี 412 ก่อนคริสตกาล ทำให้เปอร์เซียสามารถพิชิตดินแดนส่วนใหญ่ของไอโอเนียได้[8]

กล่าวกันว่ากษัตริย์ดาริอุสทรงรับการมาเยือนของนักกีฬาชาวกรีกและแชมป์โอลิมปิกนามว่า พอลิดามัสแห่งสโคโทอุสซา ผู้ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความแข็งแกร่งด้วยการสังหารคนอมตะสามคนต่อหน้าผู้ปกครองแห่งเปอร์เซีย[9][10] ประติมากรรมที่เป็นตัวแทนของเหตุการณ์ดังกล่าวปรากฏให้เห็นในพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์กีฬาโอลิมปิกสมัยโบราณ[11]

กษัตริย์ดาริอุสที่ 2 เสด็จสวรรคตในช่วง 404 ปีก่อนคริสตกาล ในปีที่สิบเก้าแห่งการครองราชย์ของพระองค์ และกษัตริย์อาร์ตาเซิร์กซีสที่ 2 ก็ขึ้นครองพระราชบัลลังก์ต่อในฐานะกษัตริย์แห่งเปอร์เซีย[2]