ในขณะทรงดำรงเป็นพระพันปี พระนางเยเฮ่อน่าลาทรงรับจักรพรรดิซวนถง (จักรพรรดิผู่อี๋) มาเป็นพระโอรสเลี้ยงหลังจากจักรพรรดิกวางซวีเสด็จสวรรคตในปี พ.ศ. 2451 พระนางซูสีไทเฮาทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการจนพระนางสวรรคตและเมื่อหลงยฺวี่ทรงได้รับการยอมรับในพระยศพระพันปี ในทางทฤษฎีพระนางทรงมีความมุ่งมั่นที่สำคัญในการตัดสินใจ แต่ในภาคปฏิบัติพระนางทรงไม่มีความรู้ด้านการเมืองการปกครองไม่เหมือนซูสีไทเฮา ในช่วงแรกราชสำนักตกอยู่ภายใต้อำนาจของไจ้เฟิง เจ้าชายชุนที่ 2และจากนั้นตกอยู่ภายใต้อำนาจของหยวน ซื่อไข่ โดยพระนางอยู่ภายใต้การควบคุมของบุคคลทั้งสอง

ภายใต้คำแนะนำของหยวน ซื่อไข่ในปี พ.ศ. 2454 พระพันปีหลงยฺวี่จำต้องทรงลงพระนามาภิไธยประกาศการสละราชสมบัติของจักรพรรดิซวนถงพระชนมายุ 6 พรรษา ในขณะการจัดเตรียมฐานะของราชวงศ์ยังคงอยู่ต่อไปในพระราชวังต้องห้ามและยังคงรักษาทรัพย์สิน พระยศและบ่าวไพร่รับใช้ ในปี พ.ศ. 2455 ราชวงศ์ชิงได้ถูกล้มล้าง มีการก่อตั้งสาธารณรัฐจีน

เพียงไม่กี่วันของการสิ้นสุดราชวงศ์ชิง พระพันปีหลงยฺวี่ทรงพระประชวรและเสด็จสวรรคตที่ปักกิ่ง พระชนมายุ 50 พรรษา เพราะพระนางทำใจไม่ได้ที่ราชวงศ์ชิงนั้นล่มสลายแต่พระนางก็ทำได้ดีที่สุดแล้ว และพระนางเป็นพระจักรพรรดินีแห่งจีนพระองค์เดียวที่หีบพระศพได้ถูกย้ายจากพระราชวังต้องห้ามไปยังสุสานโดยทางรถไฟ ในพระราชพิธีฝังพระศพ หลี่ หยวนหง รองประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐจีน ได้กล่าวสรรเสริญพระนางว่า "ทรงเป็นสตรีผู้ดีเลิศยิ่งท่ามกลางสตรีทั้งปวง"