จักรพรรดินีโชเก็ง พระพันปีหลวงพระราชสมภพเมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2392 ณ เฮอังเกียว มีพระนามเมื่อแรกประสูติว่ามาซาโกะ เป็นธิดาคนที่สามของทาดากะ อิชิโจ อดีตเสนาบดีฝ่ายขวาและผู้สืบตระกูลอิชิโจอันเป็นสาขาย่อยของตระกูลฟูจิวาระ กับอนุภริยาชื่อทามิโกะ ชินบาตะ

พระองค์ฉายแววความเฉลียวฉลาดมาตั้งแต่ยังเยาว์ชันษา เพราะมีพระปรีชาในการอ่านบทร้อยกรองในประชุมบทร้อยกรองญี่ปุ่นขณะมีพระชันษาสี่ปี และพระราชนิพนธ์กลอนวากะได้โดยพระองค์เองเมื่อพระชันษาได้ห้าปี ครั้นมีพระชันษาได้เจ็ดปี พระองค์สามารถอ่านภาษาจีนโบราณโดยมีผู้คอยถวายคำแนะนำบางครั้งและทรงร่ำเรียนอักษรวิจิตรแบบญี่ปุ่น ต่อมาขณะมีพระชันษาสิบสองปี ทรงเรียนการเล่นโคโตะ (ลักษณะคล้ายคลึงกับกู่เจิงของจีน) และพิธีชงชาอย่างญี่ปุ่น ทั้งนี้พระองค์มีพระชันษามากกว่าจักรพรรดิเมจิถึงสามปี ด้วยเหตุนี้จึงได้มีการเปลี่ยนแปลงปีพระราชสมภพของพระองค์จากเดิมในปี พ.ศ. 2392 เป็น พ.ศ. 2393[1]

พระองค์ได้อภิเษกสมรสกับจักรพรรดิเมจิ ทรงเป็นจักรพรรดินีพระองค์แรกแห่งยุคสมัยใหม่ของญี่ปุ่น แต่อย่างไรก็ตามทั้งสองพระองค์ไม่มีพระราชโอรสพระธิดาด้วยกัน อันเนื่องมาจาก พระนางไม่อาจทรงพระครรภ์ได้ เนื่องจากพระวรกายผิดปกติ แม้จะเป็นเช่นนี้แต่มีบันทึกว่า จักรพรรดิเมจิโปรดที่จะเสด็จไปพบสมเด็จพระจักรพรรดินีแทบทุกวัน