หลังจากเหตุการณ์ปฏิวัติฝรั่งเศส ซึ่งสร้างความประทับพระทัยต่อพระองค์เป็นอย่างมาก โดยช่วงเวลานั้น ทรงพระอารมณ์ดีตลอดเวลา แต่พระองค์ไม่ทรงไว้ใจพวกหัวรุนแรงในออสเตรียที่ตามมาหลังจากเหตุการณ์ปฏิวัติในฝรั่งเศส ในปีพ.ศ. 2337 มีการก่อตั้งกองทัพราชนาวีออสเตรียและฮังการีอย่างลับ ๆ โดยผู้นำได้อยู่ในการพิจารณา แต่คำตัดสินของคณะลูกขุนได้ให้หาทางจัดการกับขอบเขตภายนอกของการก่อตั้งกองทัพอย่างลับ ๆ นี้ อาร์ชดยุกอเล็กซานเดอร์ เลโอโปลด์ (ซึ่งขณะนั้นทรงดำรงตำแหน่งสมุหนายกแห่งฮังการี) ทรงเป็นองค์ประธานของคณะลูกขุนที่เข้าจัดการเกี่ยวกับการก่อตั้งกองทัพอย่างลับ ๆ นี้ ซึ่งในที่สุด สามารถจับกุมตัวการทั้งหมดได้ ศาลตัดสินให้ประหารชีวิตบ้าง และจำคุกตลอดชีวิต

จักรพรรดิทรงเป็นคนขี้ระแวง พระองค์ทรงก่อตั้งตำรวจ สายลับในเครือข่ายที่กว้างขวาง เพื่อตรวจสอบสภาพการเมืองทั้งหมดอย่างลับ ๆ อันที่จริงแล้ว พระองค์ทรงสืบสานต่อพระปณิธานพระราชบิดาที่ทรงก่อตั้งสายลับตรวจสอบสภาพการเมืองอย่างลับ ๆ ที่แคว้นทัสคานี โดยการก่อตั้งสายลับนี้ พระราชอนุชาของพระองค์ อาร์ชดยุกคาร์ล และอาร์ชดยุกโจฮันน์ทรงเป็นผู้ร่วมก่อตั้งด้วย นอกจากนี้ พระองค์ก็ทรงนำนโยบายในการบริหารประเทศจากจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์มาใช้ในการปกครองจักรวรรดิด้วย ถึงแม้ว่า ตอนนี้ พระองค์ทรงเป็นจักรพรรดิแห่งออสเตรีย โดยพระองค์ทรงถอดถอนจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ออกจากกลุ่มเยอรมัน ซึ่งสร้างความเคลือบแคลงให้กับสภากฎหมายแห่งรัฐธรรมนูญ