เมื่อพระองค์ได้ทรงขึ้นครองราชย์เป็นองค์พระประมุขแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์แล้ว วิกฤติแรกในเข้ามาคือ คำขู่จากนโปเลียน โบนาปาร์ต หรือจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 แห่งจักรวรรดิฝรั่งเศส ที่ได้เข้ามาก้าวก่ายการเมืองการปกครองและระบอบต่างในราชสำนักหลายประเทศในทวีปยุโรป รวมทั้งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ด้วย โดยพระองค์ทรงตระหนักถึงภาวะตึงเครียดเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างจักรวรรดิโรมันกับจักรวรรดิฝรั่งเศส เพราะว่าราชปิตุจฉาของพระองค์ ราชินีมารี อังตัวเนตแห่งฝรั่งเศส ทรงถูกประหารด้วยเครื่องกิโยตินในการปฏิวัติฝรั่งเศส พ.ศ. 2336 โดยที่พระองค์ไม่ทรงสนพระทัยใยดีและทรงเฉยเมยต่อชะตากรรมของราชปิตุจฉา เพราะเนื่องจากราชินีมารี อังตัวเนตไม่ทรงสนิทสนมกับพระราชบิดาของพระองค์เท่าใดนัก ทั้งที่เป็นพระเชษฐภัคินีแท้ ๆ ของพระองค์ และทรงเป็นปิตุจฉาของจักรพรรดิฟรันทซ์เสียด้วยซ้ำ ถึงแม้พระองค์จะทรงไม่เคยเห็น จอร์ช แดนตัน ประธานองคมนตรีและสมุหนายก ได้มีการเจรจากับพระองค์ให้ทรงเข้าช่วยเหลือปล่อยราชปิตุจฉาจากที่คุมขัง แต่จักรพรรดิทรงเมินเฉย โดยต่อมา พระองค์ทรงนำกองทัพเข้าร่วมรบในสงครามปฏิวัติฝรั่งเศส โดยกองทัพของพระองค์ถูกโจมตีจากกองทัพของนโปเลียน โดยในสมรภูมิแคมโป ฟอร์มีโอ พระองค์ทรงยอมจำนน ยกไรน์ให้กับฝรั่งเศส เพื่อแลกเปลี่ยนกับเวนิสและแดลเมเชีย แต่ต่อมา พระองค์ทรงนำกองทัพจู่โจมฝรั่งเศสในสมรภูมิเอาสเทอร์ลิทซ์ แต่ได้รับความพ่ายแพ้ไป โดยมีการทำสนธิสัญญาเพรสบูร์กขึ้น ซึ่งเป็นยุบระบอบการปกครองของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ลง และก่อตั้งจักรวรรดิออสเตรียเป็นจักรวรรดิใหม่

เมื่อปีพ.ศ. 2352 พระองค์ได้นำกองทัพเข้าจู่โจมฝรั่งเศสอีกครั้ง เพื่อหวังผลประโยชน์จากสงครามคาบสมุทรที่นโปเลียนสามารถยึดสเปนได้ แต่ก็ถูกโจมตีและได้รับความพ่ายแพ้อีกครั้ง แต่ครั้งนี้ พระองค์ทรงนึกคิดอยากจะกระชับความสัมพันธ์กับจักรวรรดิฝรั่งเศส โดยมีพระมีพระบรมราชโองการให้พระราชธิดาองค์โตของพระองค์ อาร์ชดัชเชสมารี หลุยส์ ไปอภิเษกสมรสกับนโปเลียน แต่นโปเลียนมองการส่งพระราชธิดามาอภิเษกเป็นการส่งราชบรรณาการ ฝรั่งเศสจึงได้ออสเตรียเป็นเมืองประเทศราช เหมือนเมืองทาส เพราะนโปเลียนได้ประเทศอื่น ๆ ในยุโรปเป็นเสมือนทาสรับใช้ เช่น ประเทศในแถบเยอรมัน รวมทั้งปรัสเซียด้วย

ในปีพ.ศ. 2356 ออสเตรียได้เข้าจู่โจมฝรั่งเศสอีกครั้ง ครั้งนี้เป็นครั้งที่ 4 และเป็นครั้งสุดท้าย โดยครั้งนี้ออสเตรียได้ร่วมมือกับสหราชอาณาจักร รัสเซีย และปรัสเซียโจมตีนโปเลียน โดยออสเตรียได้เปรียบในตอนสุดท้าย คือการตั้งการประชุมใหญ่แห่งเวียนนา (Congress of Vienna) โดยมีพระบรมราชโองการแต่งตั้ง เจ้าชายคลีเมนส์ เว็นเซิลแห่งเม็ทเตอร์นิชเป็นองค์ประธาน เพื่อช่วยในการปฏิรูประบอบการปกครองของราชอาณาจักรหรือจักรวรรดิต่าง ๆ รวมทั้งมีการก่อตั้งกลุ่มสมาพันธรัฐเยอรมัน เพื่อเป็นหน่วยย่อยในการดูแล ควบคุมระบอบการเมืองการปกครองของกลุ่มประเทศเยอรมัน โดยการประชุมแห่งเวียนนาได้จัดระบบประเทศต่าง ๆ ของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ โดยให้จักรพรรดิฟรันทซ์เป็นองค์ประธานในการประชุมที่เวียนนาและกลุ่มสมาพันธรัฐเยอรมัน โดยพระองค์ทรงเป็นเจ้าภาพร่วมกับพระราชวงศ์ประเทศอื่นในการประชุม แต่อย่างไรก็ตาม พระองค์ได้ทรงตัดความสัมพันธ์กับรัสเซียและปรัสเซีย คือจักรพรรดิอเล็กซานเดอร์ที่ 1 แห่งรัสเซีย และพระเจ้าฟรีดริช วิลเฮล์มที่ 3 แห่งปรัสเซีย ในการเจรจาสนธิสัญญาลับในการฟื้นฟูสถาปนาพระเจ้าหลุยส์ที่ 18 แห่งฝรั่งเศสให้เป็นองค์พระประมุขฝรั่งเศสอีกครั้งหนึ่ง