จักรพรรดิอันโตะกุประสูติเมื่อปี ค.ศ. 1178 เป็นพระราชโอรสใน จักรพรรดิทะกะกุระ ที่ประสูติแต่ ไทระ โนะ โทะกุโกะ ธิดาคนที่ 2 ของ ไทระ โนะ คิโยะโมะริ อัครมหาเสนาบดี ผู้ทรงอำนาจและอิทธิพลในปลายยุคเฮอัง และเป็นพระเชษฐาต่างพระราชมารดากับ จักรพรรดิโกะ-โทะบะ

จักรพรรดิอันโตะกุขึ้นครองราชย์เมื่อปี ค.ศ. 1180 เนื่องจากการสละราชบัลลังก์ของจักรพรรดิทะกะกุระพระราชบิดาที่ถูกคิโยะโมะริผู้เป็นพระอัยกา (ตา) บังคับให้สละราชบัลลังก์ให้กับพระองค์

ในช่วงปลายรัชกาลเจ้าชายโมะชิฮิโตะพระปิตุลา (ลุง) ได้ส่งจดหมายไปเชิญคนจาก ตระกูลมินะโมะโตะ ให้มาโค่นล้ม ตระกูลไทระ ซึ่งทั้งสองตระกูลก็ทำสงคราม ที่เรียกว่า สงครามเก็มเป จนในที่สุดตระกูลมินะโมะ โตะก็เป็นฝ่ายได้ชัยชนะตระกูลไทระจึงได้แล่นเรือหนีออกทะเล แต่ตระกูลมินะโมะโตะก็ตามมาทัน ไทระ โนะ มุเนะโมะริ ผู้นำตระกูลจึงได้อุ้มจักรพรรดิอันโตะกุกระโดดลงทะเลจมน้ำสวรรคตพร้อมกับสมาชิกของตระกูลไทระคนอื่นๆทำให้ตระกูลไทระหมดอำนาจลงในที่สุด