จักรพรรดิโกะ-ฟุชิมิมีพระนามเดิมก่อนจะขึ้นสืบราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศว่า เจ้าชายทะเนะฮิโตะ (ญี่ปุ่น: 胤仁)

เป็นพระราชโอรสองค์ใหญ่ใน จักรพรรดิฟุชิมิ จักรพรรดิองค์ที่ 92 และเป็นพระเชษฐาต่างพระราชมารดาของ จักรพรรดิฮะนะโซะโนะ จักรพรรดิองค์ที่ 95 โดยมาจากราชสกุลจิเมียวอิน

มีพระราชโอรสทั้งสิ้น 2 พระองค์คือ

• เจ้าชายคะซูฮิโตะ (ต่อมาคือ จักรพรรดิโคงง ผู้อ้างสิทธิองค์ที่ 1)

• เจ้าชายยูตะฮิโตะ (ต่อมาคือ จักรพรรดิโคเมียว ผู้อ้างสิทธิองค์ที่ 2)