จักรพรรดิโกะ-มิซุโน (ญี่ปุ่น: 後水尾天皇 โรมาจิ: Go-Mizunoo-tennō) จักรพรรดิองค์ที่ 108 แห่งราชวงศ์ญี่ปุ่นตามที่ได้จัดเรียงไว้ใน รายพระนามจักรพรรดิญี่ปุ่น และเป็นพระราชบิดาของจักรพรรดิและจักรพรรดินีถึง 4 พระองค์คือ จักรพรรดินีเมโช องค์ที่ 109 , จักรพรรดิโกะ-โคเมียว องค์ที่ 110 , จักรพรรดิโกะ-ไซ องค์ที่ 111 และ จักรพรรดิเรเง็ง องค์ที่ 112 พระนามของจักรพรรดิโกะ-มิซุโนนำมาจากพระนามของ จักรพรรดิเซวะ (ญี่ปุ่น: 清和天皇 โรมาจิ: Seiwa-tennō) จักรพรรดิองค์ที่ 56 ที่ปกครองในช่วง คริสต์ศตวรรษที่ 9 ที่มีอีกพระนามหนึ่งว่า จักรพรรดิมิซุโน เมื่อใส่คำว่า โกะ (後) เข้าไปทำให้พระนามของจักรพรรดิโกะ-มิซุโนมีความหมายว่า จักรพรรดิมิซุโนที่สอง หรือ จักรพรรดิมิซุโนยุคหลังใน ค.ศ. 1610 จักรพรรดิโกะ-โยเซได้สถาปนาเจ้าชายมะซะฮิโตะพระราชโอรสขึ้นเป็นรัชทายาทหลังจากนั้นไม่นานจักรพรรดิโกะ-โยเซได้ประกาศพระราชประสงค์ที่จะสละราชบัลลังก์ให้กับเจ้าชายมะซะฮิโตะที่รัชทายาทสืบราชบัลลังก์ต่อจากพระองค์จนกระทั่งวันที่ 27 เดือน 3 ปี เคโช ที่ 15 ตรงกับวันที่ 9 พฤษภาคม ค.ศ. 1611 จักรพรรดิโกะ-โยเซได้สละราชบัลลังก์ให้กับเจ้าชายมะซะฮิโตะที่รัชทายาทพระชนมายุเพียง 14 พรรษาขึ้นสืบราชบัลลังก์เป็น จักรพรรดิโกะ-มิซุโน หลังจากนั้นอีก 15 วันคือวันที่ 12 เดือน 4 ปี เคโช ที่ 15 ตรงกับวันที่ 24 พฤษภาคม ค.ศ. 1611 จึงได้มีการประกอบพระราชพิธีราชาภิเษกขึ้นที่ พระราชวังหลวงเฮอังช่วง ค.ศ. 1614 — 1615 ตรงกับปีที่ 3 — 4 ในรัชสมัยได้เกิดเหตุการณ์ที่เรียกว่า การล้อมโอซะกะ ซึ่งเป็นสงครามระหว่าง ตระกูลโทะกุงะวะ และ ตระกูลโทะโยะโตะมิ ผลของสงครามครั้งนี้ส่งผลให้ตระกูลโทะโยะโตะมิถูกกวาดล้างจนหมดสิ้นและทำให้ตระกูลโทะกุงะวะซึ่งเป็นตระกูลของโชกุนที่ปกครองญี่ปุ่นในขณะนั้นรวมอำนาจได้แบบเบ็ดเสร็จเด็ดขาดจักรพรรดิโกะ-มิซุโนสละราชบัลลังก์ให้กับเจ้าหญิงโอะกิโกะพระราชธิดาพระองค์ใหญ่พระชนมายุเพียง 4 พรรษาขึ้นสืบราชบัลลังก์เป็น จักรพรรดินีเมโช เมื่อวันที่ 8 เดือน 11 ปี คันเอ ที่ 6 ตรงกับวันที่ 22 ธันวาคม ค.ศ. 1629 อดีตจักรพรรดิโกะ-มิซุโนประชวรและเสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 19 เดือน 8 ปี เอ็นโป ที่ 8 ตรงกับวันที่ 11 กันยายน ค.ศ. 1680 ขณะพระชนมายุได้ 84 พรรษา