ก่อนจะขึ้นสืบราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศจักรพรรดิโกะ-โคเมียวมีพระนามเดิมว่า เจ้าชายสึงุฮิโตะ และมีราชทินนามว่า เจ้าซุงุ

เป็นพระราชโอรสองค์ที่ 4 ใน จักรพรรดิโกะ-มิซุโน และเป็นพระราชอนุชาต่างพระราชมารดาของ จักรพรรดินีเมโช รวมถึงเป็นพระเชษฐาต่างพระราชมารดาของ จักรพรรดิโกะ-ไซ และ จักรพรรดิเรเง็ง

ทรงไร้พระราชโอรสแต่มีพระราชธิดาพระองค์เดียวคือ เจ้าหญิงทะกุโกะ ซึ่งต่อมาคือ พระพันปีเรเซ