สมเด็จพระเจ้าโกจง เป็นพระโอรสพระองค์ที่สองในเจ้าชายแทวอนฮึงซอน กับเจ้าหญิงโยฮุง มีพระนามเดิมว่า ลี มยองบก (李命福 이명복 Yi Myeong-bok)

ปี พ.ศ. 2407 เมื่อพระเจ้าชอลจง พระมหากษัตริย์ลำดับที่ 25 แห่งราชอาณาจักรโชซอนสรรคตโดยที่ยังมิได้แต่งตั้งรัชทายาทสืบราชบัลลังก์ เนื่องจากพระองค์ไม่มีพระราชโอรสสายพระโลหิตของพระองค์เอง ดังนั้น สิทธิในการสืบราชบัลลังก์จึงต้องตกเป็นของเชื้อพระวงศ์ลำดับถัดไป ซึ่งในช่วงเวลานั้นอำนาจในราชสำนักทั้งหมดตกอยู่ในสาย ตระกูลคิมแห่งเมืองอันดง เสียเป็นส่วนใหญ่ ซึ่งตระกูลคิมนี้เป็นสายตระกูลเดิมของพระมเหสีโชริน (พระมเหสีของพระเจ้าชอลจง) เมื่อสิ้นรัชสมัย ขุนนางฝ่ายอื่น ๆ โดยเฉพาะตระกูลโจ (ตระกูลของพระเจ้ายองโจ พระมหากษัตริย์ลำดับที่ 20 แห่งราชอาณาจักรโชซอน) จึงได้พยายามลิดรอนอำนาจของฝ่ายตระกูลคิมลง โดยได้ร่วมมือกับเชื้อพระวงศ์ในราชตระกูลลีพระองค์หนึ่งคือ องค์ชาย ลี แฮอุง จนสามารถแย่งชิงตราพระมหากษัตริย์มาไว้ในครอบครองได้ จึงถือสิทธิในการสรรหาผู้สืบราชบัลลังก์กษัตริย์เอง โดยฝ่ายตระกูลโจและองค์ชาย ลี แฮอุง ได้เลือกโอรสขององค์ชายลี แฮอุงขึ้นครองราชย์ โดยองค์ชายนี้มีพระนามว่า ลี เมียงบอก ซึ่งในขณะนั้นมีพระชนมายุเพียง 12 พรรษา โดยมีองค์ชาย ลีแฮอุง เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ เมื่อองค์ชาย ลี เมียงบอค ชึ้นสืบราชบัลลังก์เองได้แล้วจึงได้ทรงพระนามว่า สมเด็จพระเจ้าโกจง ส่วนองค์ชาย ลีแฮอุง ผู้เป็นพระบิดาเมื่อขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ก็จึงดำรงพระยศเป็นองค์ชายแดวอน