ภายหลังจากพระมเหสีมินจายองสิ้นพระชนม์ด้วยการบุกลอบปลงพระชนม์โดยทหารจักรวรรดิญี่ปุ่นในพระตำหนักของพระนางภายในพระราชวังเคียงบก พระเจ้าโกจง ทรงเศร้าโศกโทมนัสอย่างยิ่ง พระองค์ทรงลี้ภัยเข้าไปอยู่ในสถานทูตรัสเซีย และทรงเก็บตัวอยู่แต่ในห้องโดยไม่พบปะใคร ซึ่งจากนั้นเป็นต้นมาพระองค์ก็อยู่ความอารักขาของจักรวรรดิรัสเซีย ที่พยายามเข้ามามีบทบาทเพื่อคานอำนาจจักรวรรดิญี่ปุ่นที่นับวันจะยิ่งเข้มแข็งมากขึ้น

เมื่อจักรวรรดิญี่ปุ่นได้รับชัยชนะในสงครามกับจักรวรรดิชิง (ราชวงศ์ชิงของจีน) ซึ่งได้ยึดดินแดนส่วนคาบสมุทรเหลียวตงหรือทางตอนเหนือของราชอาณาจักรโชซอน ทำให้จักรวรรดิรัสเซียเริ่มหวาดระแวงในอำนาจของจักรวรรดิญี่ปุ่นด้วยเกรงว่าจะมายึดโชซอนไปโดยง่ายและทำให้การขยายอิทธิพลของรัสเซียยากเย็นมากขึ้น รัสเซียจึงต้องการช่วยเหลือโชซอนโดยการรับรองความปลอดภัยของพระเจ้าโกจงและช่วยให้พระองค์กลับสู่โชซอนโดยปลอดภัยเมื่อปี ค.ศ. 1897 และยังช่วยวางแผนให้พระองค์ยกสถานะของราชอาณาจักรโชซอน เป็นจักรวรรดิเกาหลี โดยมีพระองค์เป็นสมเด็จพระจักรพรรดิพระองค์แรก ซึ่งพระองค์ทรงเรียกพระองค์เองว่า สมเด็จพระจักรพรรดิควางมูแห่งจักรวรรดิเกาหลี รวมทั้งสถาปนาพระอิสริยยศให้พระมเหสีผู้ล่วงลับ (พระมเหสีมินจายอง) เป็น สมเด็จพระจักรพรรดินีเมียงซองแห่งจักรวรรดิเกาหลี อีกด้วย ทั้งนี้ เพื่อการจัดระเบียบของประเทศใหม่และเป็นเกมการเมืองที่รัสเซียทำขึ้นเพื่อเป็นกำแพงต้านอำนาจญี่ปุ่น ซึ่งสร้างความไม่พอใจให้กับญี่ปุ่นอย่างมาก

จนในที่สุดจักรวรรดิญี่ปุ่นก็แสดงความกระหายอำนาจที่จะยึดจักรวรรดิเกาหลีอย่างชัดเจนในปี ค.ศ. 1904 โดยการประกาศสงครามกับจักรวรรดิรัสเซีย หลังสงครามครั้งนี้ ญี่ปุ่นเป็นฝ่ายชนะและได้ขับไล่รัสเซียไปจากจักรวรรดิเกาหลี และจักรวรรดิเกาหลีจึงต้องยอมมาเป็นประเทศในอารักขาจักรวรรดิญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1905 ด้วยเหตุนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิควางมูจึงไม่สามารถทำอะไรได้เลย พระองค์ทรงถูกบีบคั้นในทุกด้าน จนในที่สุด องค์ชายแดวอน จึงสมรู้ร่วมคิดกับญี่ปุ่นขึ้นมามีอำนาจแทนเพื่อรวบอำนาจอย่างเบ็ดเสร็จ การบีบคั้นต่อพระองค์รุนแรงขึ้นเรื่อย ๆ จนพระองค์อาศัยเวทีประชุมสันติภาพโลกที่จัดขึ้นที่กรุงเฮก ประเทศเนเธอร์แลนด์ เป็นการประจานถึงสิ่งต่าง ๆ ที่จักรวรรดิญี่ปุ่นได้ทำไว้กับจักรวรรดิเกาหลีให้ชาวโลกได้รู้ และเมื่อข่าวแพร่ออกไป จักรวรรดิญี่ปุ่นถือเป็นเรื่องขายหน้ามาก จึงได้บีบบังคับให้สมเด็จพระจักรพรรดิควางมูสละราชบัลลังก์ แล้วให้โอรสของพระองค์ขึ้นครองราชย์แทนเป็น สมเด็จพระจักรพรรดิซุนจง แต่พระองค์ก็เป็นเพียงสมเด็จพระจักรพรรดิในนามเท่านั้น ไม่มีพระราชอำนาจใด ๆ เพราะอำนาจต่าง ๆ ตกอยู่ในมือของผู้สำเร็จราชการชาวญี่ปุ่นและองค์ชายแทวอนคนทรยศไปจนหมดสิ้น การที่จักรวรรดิญี่ปุ่นให้ขึ้นครองราชย์ก็เพื่อเป็นหุ่นเชิดรอเวลาที่จะกลืนเกาหลีได้โดยสมบูรณ์เท่านั้นซึ่งก็เป็นเช่นนั้น

ในอีก 2 ปีต่อมาในปี ค.ศ. 1910 สมเด็จพระจักรพรรดิซุนจงแห่งจักรวรรดิเกาหลี (พระเจ้าซุนจง) ได้ต้องถูกถอดออกจากตำแหน่งสมเด็จพระจักรพรรดิโดยดำรงพระอิสริยยศเพียงกษัตริย์เท่านั้น และจักรวรรดิญี่ปุ่นก็ได้ล้มล้างสถาบันจักรพรรดิของเกาหลีลงในปีเดียวกัน โดยผนวกเข้าเป็นมณฑลหนึ่งของญี่ปุ่นและควบคุมเชื้อสายราชวงศ์ลีทั้งหมดไปไว้ที่ญี่ปุ่น เพื่อเป็นตัวประกันไม่ให้สามารถคืนสู่อำนาจได้อีก เกาหลีจึงปิดฉากยุคสมัยจักรวรรดิรวมทั้งยุคสมัยแห่งราชวงศ์อันยาวนานกว่า 2,000 ปี