โปรตุเกสซึ่งมีฐานกำลังอยู่ที่กัว (Goa) และมะละก่ได้สร้างจักรวรรดินาวีขึ้นในมหาสมุทรอินเดียเพื่อผูกขาดการค้าเครื่องเทศ และก่อตั้งสร้างกำลังขึ้นที่มาเก๊าทางตอนใต้ของจีนเพื่ออำนวยความสะดวกให้แก่การค้าในจีนและญี่ปุ่นของตน โปรตุเกสไม่ได้เร่งขยายอาณานิคมในเอเชียอย่างจริงจังในเบื้องต้นเนื่องจากจักรวรรดิโปรตุเกสขยายขอบเขตมากจนตึงมือแล้ว อันเป็นผลจากขีดจำกัดทางด้านค่าใช้จ่ายของอาณานิคมและนาวีเทคโนโลยีร่วมสมัย (ทั้งสองปัจจัยนี้ทำงานคู่ขนานกันไปทำให้การค่าใช้จ่ายในการบริหารจัดการอาณานิคมต้องใช้เม็ดเงินจำนวนมหาศาล) ผลประโยชน์ของโปรตุเกสที่มีอยู่ในเอเชียจึงเพียงพอสำหรับการสนับสนุนทางการเงินแก่การขยายอาณานิคมและยึดที่มั่นไว้ต่อไปในเขตพื้นที่ซึ่งพิจารณาแล้วว่ามีความสำคัญทางยุทธศาสตร์เป็นอย่างมากในภูมิภาคที่ตั้งอยู่ใกล้ประเทศแม่มากกว่าคืออัฟริกาและบราซิล และดังที่ได้กล่าวถึงมาแล้วข้างต้น ว่า โปรตุเกสนั้นมีความสัมพันธ์ทางการค้าแนบแน่นมากกับญี่ปุ่น จนมีการบันทึกไว้ว่าโปรตุเกสคือชาติตะวันตกที่เดินทางไปเยือนญี่ปุ่นเป็นชาติแรก การสัมพันธ์ติดต่อทางค้าขายเหล่านี้ทำให้มีการนำเอาศาสนาคริสเตียนและอาวุธปืนเข้าไปเผยแพร่ในญี่ปุ่นด้วย

ความยิ่งใหญ่ในฐานะ เป็นมหาอำนาจทางทะเลของโปรตุเกสต้องสูญเสียให้แก่เนเธอร์แลนด์ไปในศตวรรษที่ 17 และนำมาซึ่งความท้าทายที่สำคัญยิ่งต่อโปรตุเกส แต่อย่างไรก็ตาม โปรตุเกสก็ยังคงยึดครองมาเก๊าซึ่งถูกประกาศว่าเป็นดินแดนใต้อาณานิคมของโปรตุเกสภายหลังจีนแพ้สงครามฝิ่น และจัดตั้งอาณานิคมแห่งใหม่ขึ้นบนเกาะติมอร์ จนกระทั่งหลังกลางศตวรรษที่ 20 โปรตุเกสจึงสูญเสียอาณานิคมในเอเชียของตนไป โดยกัวถูกรุกรานโดยอินเดียในปีค.ศ. 1962 และโปรตุเกสทอดทิ้งติมอร์ไปในปี 1975 ก่อนที่ดินแดนแห่งนี้จะถูกอินโดนีเซียบุกเข้ายึดครองและผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของประเทศ ส่วนมาเก๊านั้นโปรตุเกสส่งมอบคืนให้แก่จีนเมื่อสนธิสัญญาการเช่าหมดอายุลงในปี 1999