วันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2436 เกิดวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 ที่ปากแม่น้ำเจ้าพระยา เรือรบฝรั่งเศสสามารถฝ่าแนวป้องกันของสยามเข้ามาทอดสมอในกรุงเทพฯ ได้ ฝ่ายฝรั่งเศสยื่นคำขาดให้ฝ่ายไทยปฏิบัติตามเมื่อ 20 กรกฎาคม โดยให้เวลาตอบ 48 ชั่วโมง ฝ่ายไทยได้ตอบข้อเรียกร้องเมื่อ 22 กรกฎาคม แต่ไม่เป็นที่พอใจของฝ่ายฝรั่งเศส ดังนั้นในวันที่ 24 กรกฎาคม ฝรั่งเศสจึงประกาศตัดสัมพันธ์ทางการทูตกับไทย สองวันถัดมา (26 กรกฎาคม) ฝรั่งเศสได้สั่งให้ผู้บัญชาการกองเรือภาคตะวันออกไกลที่ไซ่ง่อนปิดล้อมอ่าวไทย ตั้งแต่แหลมเจ้าลายถึงบริเวณแหลมกระบัง และในวันที่ 29 กรกฎาคม ฝรั่งเศสได้ประกาศปิดล้อมอ่าวไทยครั้งที่ 2 โดยขยายเขตเพิ่มบริเวณเกาะเสม็ด จนถึงแหลมลิง รวม 2 เขต ฝ่ายไทยจำต้องยอมรับคำขาดของฝรั่งเศสที่ยื่นไว้แต่เดิมในวันเดียวกันนั้นเอง แต่ในวันรุ่งขึ้นฝรั่งเศสถือโอกาสยื่นคำขาดเพิ่มเติมอีก โดยประกาศยึดปากน้ำและเมืองจันทบุรีไว้เป็นประกัน และบังคับให้ไทยถอนตัวออกจากฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงอีกด้วย ไทยจำเป็นต้องยอมรับโดยไม่มีทางเลือก เมื่อฝ่ายไทยปฏิบัติตามคำขาดนั้นแล้ว ฝรั่งเศสจึงได้ยกเลิกการปิดอ่าวในวันที่ 3 สิงหาคม เวลา 12.00 น. แต่การยึดปากน้ำและเมืองจันทบุรียังคงยึดไว้ตามเดิม

ต่อมาได้มีการทำสัญญาสงบศึกกันโดยหนังสือสัญญาฉบับลงวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2436 (ร.ศ. 112) ในหนังสือสัญญาฉบับนี้ มีข้อความระบุไว้ในอนุสัญญาผนวกต่อท้ายหนังสือสัญญาข้อ 6 ว่า "คอนเวอนแมนต์ (Government - รัฐบาล) ฝรั่งเศสจะได้ตั้งอยู่ต่อไปที่เมืองจันทบุรี จนกว่าจะได้ทำการสำเร็จแล้วตามข้อความในหนังสือสัญญานี้…"

แม้ทางฝ่ายไทยปฏิบัติตามเงื่อนไขที่ฝรั่งเศสบีบบังคับทุกอย่าง ฝรั่งเศสก็ยังไม่ยอมถอนทหาร ยังคงยึดจันทบุรีไว้อีกเป็นเวลานานถึง 10 ปี เป็นเหตุให้ต้องมีการตกลงทำสัญญาขึ้นใหม่อีกฉบับหนึ่งคือ อนุสัญญาลงวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2445 แต่หนังสือฉบับนี้ฝรั่งเศสไม่ยอมให้สัตยาบันและไม่ถอนกำลังออกจากจันทบุรี จึงได้ตกลงมีสัญญาอีกฉบับหนึ่ง คือ สัญญาลงวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2446 คราวนี้ฝรั่งเศสจึงถอนกำลังออกจากจันทบุรี แต่ได้เข้ายึดครองเมืองตราดและบรรดาเกาะทั้งหลายภายใต้แหลมลิงลงไปซึ่งรวมถึงเกาะกงแทน ฝ่ายไทยจำต้องมอบเมืองตราดและเมืองประจันตคีรีเขตให้แก่ฝรั่งเศส ในวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2447

พื้นที่ดังกล่าวได้ตกอยู่ในการยึดครองของฝรั่งเศส จนถึงวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2449 จึงได้มีการตกลงทำหนังสือสัญญาขึ้นอีกฉบับหนึ่งเรียกว่า "หนังสือสัญญาระหว่างสมเด็จพระเจ้าแผ่นดินสยามกับเปรสสิเดนต์แห่งรีปัปลิคฝรั่งเศส" ฝรั่งเศสจึงคืนเมืองตราดให้ไทยตามเดิม แต่ฝ่ายไทยจะต้องยอมยกดินแดนเขมรส่วนใน (มณฑลบูรพา) คือ เมืองพระตะบอง เมืองเสียมราฐ และเมืองศรีโสภณ เป็นเงื่อนไขแลกเปลี่ยน แต่ปรากฏว่าเมืองปัจจันตคิรีเขตร (เกาะกง) นั้นฝรั่งเศสมิได้คืนให้ไทยแต่ประการใด ปัจจุบันเมืองปัจจันตคิรีเขตร (เกาะกง) จึงกลายเป็นส่วนหนึ่งของกัมพูชาไปโดยปริยาย[4]

การสูญเสียแผ่นดินเกาะกงในสมัยนั้น ประวัติศาสตร์ของชาติไทยมิได้มีบันทึกการเสียดินแดนเกาะกงไว้แต่อย่างใด คงกล่าวโดยรวมในกรณีของดินแดนจังหวัดตราดเท่านั้น เพราะในขณะนั้นไทยต้องการดินแดนเขมรสูงเป็นอย่างมาก ซึ่งก็คือดินแดนอีสานตอนใต้ในปัจจุบัน โดยให้ยึดทิวเขาพนมดงรักเป็นเส้นเขตแดน ซึ่งฝรั่งเศสก็ยินยอม