แต่เดิมมาเกาะกงเป็นจังหวัดของราชอาณาจักรเขมร แต่มาถึงสมัยที่เขมรตกเป็นประเทศราชอยู่ในอำนาจของสยาม พระเจ้ากรุงสยามก็มีพระบรมราชโองการให้ตั้งเกาะกงให้เป็นส่วนหนึ่งของเมืองตราด

เมื่อปี พ.ศ. 2398 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีพระบรมราชโองการให้ตั้งเกาะกง โดยพระราชทานนามเมืองนี้ว่า เมืองปัจจันตคีรีเขตต์ เพื่อให้เป็นเมืองหน้าด่านทางชายฝั่งทะเลตะวันออกของไทย เนื่องจากเป็นเมืองที่มีเขตติดต่อกับเขมรและญวน

เหตุที่รัชกาลที่ 4 พระราชทานนามเกาะกงว่า ปัจจันตคิรีเขตร ก็เพื่อให้คล้องจองกับชื่อเมืองประจวบคีรีขันธ์ ซึ่งอยู่ทางด้านภาคตะวันตกของไทย ซึ่งตั้งอยู่ในแนวรุ้ง (Latitude) เดียวกัน[3]

ถึง พ.ศ. 2422 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระองค์เจ้าสายสนิทวงศ์จัดตั้งสถานีทหารเรือขึ้นตามชายฝั่งทะเลด้านตะวันออกที่เมืองชลบุรี บางพระ อำเภอบางละมุง เมืองระยอง เมืองแกลง เมืองจันทบุรี อำเภอขลุง เมืองตราด เมืองปัจจันตคิรีเขตร และเกาะเสม็ดนอก เพื่อรับมือกับภัยคุกคามจากฝรั่งเศสทางทะเล

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2435 ฝรั่งเศสได้เริ่มดำเนินการทางทหารใช้กำลังเข้าบีบบังคับสยาม โดยยกกองทัพมาเข้าขับไล่ทหารไทยให้ถอยร่นออกจากดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขง ทำให้ความยุ่งยากทางชายแดนเริ่มทวีความรุนแรงขึ้น จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งกรรมการปรึกษาการป้องกันพระราชอาณาเขตขึ้น และจัดกองบัญชาการทัพอยู่ตามหัวเมืองชายทะเลแต่ละด้านขึ้นด้วย

ในปี พ.ศ. 2436 รัฐบาลสยามได้แต่งตั้งให้นายพลเรือจัตวาพระยาชลยุทธโยธินทร์ (André du Plésis de Richelieu) เป็นผู้จัดการป้องกันพระราชอาณาเขตทางหัวเมืองฝ่ายตะวันออก ทางกระทรวงการต่างประเทศได้มีคำสั่งมายังผู้ว่าราชการเมืองแถบนี้ ซึ่งรวมทั้งเมืองตราดและเมืองปัจจันตคิรีเขตรด้วย ให้ช่วยพระยาชลยุทธโยธินทร์จัดการทุกอย่างที่เกี่ยวกับการป้องกันพระราชอาณาเขต