เขตการปกครองฮกไกโดรวมเกาะเล็ก ๆ ที่อยู่รอบเกาะฮกไกโดด้วย เช่น เกาะริชิริ เกาะเรบุง และเกาะโอกูชิริ

นอกจากนั้นยังมีเขตอุทยานแห่งชาติอีก 6 แห่ง ได้แก่

• อุทยานแห่งชาติชิเรโตโกะ (知床) (มีทั้งทะเลและทะเลสาบ)
• อุทยานแห่งชาติอากัง (阿寒) (เป็นทะเลสาบ)
• อุทยานแห่งชาติคูชิโรชิตสึเง็ง (釧路湿原) (เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำ)
• อุทยานแห่งชาติไดเซ็ตสึซัง (大雪山) (เป็นเทือกเขา)
• อุทยานแห่งชาติชิกตสึ-โทยะ (支笏洞爺) (เป็นทะเลสาบ)
• อุทยานแห่งชาติริชิริ-เรบุง-ซาโรเบ็ตสึ (利尻礼文サロベツ) (เป็นเกาะ)
• 5 วนอุทยาน (準国立公園)
• 12 เขตอนุรักษ์ธรรมชาติ