ฮกไกโดเชื่อมกับเกาะฮนชูทางอุโมงค์เซกัง นักท่องเที่ยวส่วนใหญ่เดินทางมาฮกไกโดโดยทางเครื่องบิน โดยมาลงที่ท่าอากาศยานชินชิโตเซะในเมืองชิโตเซะ ซึ่งอยู่ห่างจากซัปโปโระเพียง 40 นาทีโดยรถไฟ เที่ยวบินระหว่างโตเกียวและชิโตเซะมีมากถึง 45 เที่ยวต่อวันโดย 3 สายการบิน ซึ่งนับว่าติดอันดับโลก ฮกไกโดยังมีสายการบินเป็นของตัวเองชื่อแอร์โดซึ่งก็มาจากชื่อของเกาะฮกไกโดนั่นเอง นอกจากเครื่องบินแล้วฮกไกโดยังมีท่าเรือเฟอร์รีที่สามารถเดินทางไปยังเกาะต่าง ๆ ได้ แต่จะใช้เวลาค่อนข้างมาก

ส่วนภายในฮกไกโดนั้นจะใช้รถไฟเป็นหลัก รถไฟระหว่างเมืองดำเนินงานโดย JR ฮกไกโด แต่บางเมืองต้องเดินทางด้วยรถประจำทางหรือรถยนต์ส่วนตัวเท่านั้น สำหรับรถไฟใต้ดินมีเฉพาะที่นครซัปโปโระ