จารุวรรณเริ่มทำงานที่สำนักงานบัญชีไชยยศ สมบัติ เป็นโปรแกรมเมอร์คอมพิวเตอร์ที่บริษัท NCR และ ได้เข้าทำงานด้านบัญชี ที่ การไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย หลังจากนั้นสอบชิง ทุน ก.พ. ในโควตาสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน ได้อันดับ 1 ในจำนวน 4 คนที่สอบผ่าน ได้ไปศึกษาต่อปริญญาโท ด้านการบัญชีและการตรวจสอบ ที่ มหาวิทยาลัยมิชิแกนสเตต สหรัฐอเมริกา และจบปริญญาเอกด้านนโยบายสาธารณะและการจัดการ มหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิตเมื่อวันที่ 22 ตุลาคม พ.ศ. 2556[10] เคยทำงานด้านการตรวจเงินแผ่นดินที่ สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน สหรัฐอเมริกา

ปี พ.ศ. 2516 กลับมาเริ่มงานที่สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน จนกระทั่งได้เป็น ผู้อำนวยการสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินภูมิภาค ผู้ช่วยผู้อำนวยการสำนักงานสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน และเป็นข้าราชการ ระดับ 10 ในตำแหน่ง รองผู้อำนวยการสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินตามลำดับ

การดำรงตำแหน่งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน

เมื่อรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 มีผลใช้บังคับ และกำหนดให้ สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน เป็นองค์กรอิสระ โดยมีคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (คตง.) 10 คน และผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน 1 คน จารุวรรณจึงสมัครเป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน[11] ซึ่งการสรรหาผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินประสบปัญหาล่าช้า เนื่องจากผู้สมัครขาดคุณสมบัติ จึงมีผู้เสนอชื่อให้จารุวรรณ เมณฑกา เป็นผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน และได้รับเลือกเป็นผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินคนแรก[12]

หลังการรัฐประหารในปี พ.ศ. 2549 ได้รับการแต่งตั้งเป็นกรรมการคณะกรรมการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อรัฐ หรือ คตส.[13] และได้รับการแต่งตั้งให้ทำหน้าที่คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน ตั้งแต่วันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2549 จนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลง[14]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2553 สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาได้ตีความการปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่งผู้ว่าการสำนักงานตรวจเงินแผ่นดินของจารุวรรณว่า พ้นจากตำแหน่งนับตั้งแต่วันที่มีอายุครบ 65 ปี[15] แต่จารุวรรณไม่ยินยอมออกจากตำแหน่ง พิศิษฐ์ ลีลาวชิโรภาส รองผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน จึงเรียกร้องให้จารุวรรณปฏิบัติตามคำวินิจฉัยดังกล่าว จนเกิดความขัดแย้งกันภายในสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน กระทั่งในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2553 ศาลปกครองกลางได้ตัดสินให้การดำรงตำแหน่งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินของจารุวรรณสิ้นสุดลงเมื่อมีอายุครบ 65 ปีบริบูรณ์[16]

ในวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2554 คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีมติชี้มูลความผิดกรณีการกล่าวหา จารุวรรณเมื่อครั้งดำรงตำแหน่งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน กับพวก จัดสัมมนาโครงการ "สตง. ในความคิดเห็นของสมาชิกวุฒิสภา" เป็นเท็จ และส่งเรื่องให้อัยการสูงสูดฟ้องต่อศาลฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ ตามมาตรา 157 แห่งประมวลกฎหมายอาญา

หลังรัฐประหาร พ.ศ. 2557

พนักงานอัยการ ฟ้องร้อง คุณหญิงจารุวรรณ ในคดีหมายดำที่ 2054/2559 คดีนี้ศาลอุทธรณ์[17]พิพากษาจำคุก 1 ปี ในวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2559

งานอื่น ๆ

จารุวรรณได้ร่วมลงนามทูลเกล้าฯ ถวายฎีกาขอนายกรัฐมนตรีพระราชทาน เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยอ้างอิงความตามมาตรา 7 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540[18]