จำนวนเฉพาะแมร์แซน (อังกฤษ: Mersenne prime) เป็นตัวเลขจำนวนเฉพาะที่อยู่ในรูปของจำนวนเฉพาะแมร์แซน ได้มาจากชื่อนักคณิตศาสตร์ชาวฝรั่งเศส มาแร็ง แมร์แซน (Marin Mersenne) มีชีวิตอยู่สมัยศตวรรษที่ 17 ได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้คิดวิธีที่ง่ายที่สุดในการทดสอบเลขจำนวนเฉพาะ โดยได้ทำการศึกษาเลขจำนวนเฉพาะในรูปแบบ 2p - 1 ซึ่งพบว่า 2p - 1 ไม่เป็นจำนวนเฉพาะทุกตัว จำนวนเฉพาะที่มากที่สุดเท่าที่มีการค้นพบ 274,207,281 − 1 เป็นจำนวนเฉพาะแมร์แซน ในลำดับที่ 49[1][2][3]จำนวนเฉพาะที่มีขนาดใหญ่มาก (ใหญ่กว่า 10100) นำไปใช้ประโยชน์ในขั้นตอนวิธีเข้ารหัสลับแบบกุญแจสาธารณะ นอกจากนี้ยังใช้ในตารางแฮช (hash tables) และเครื่องสุ่มเลขเทียม