ต่อมา ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2491 เขาได้ประกาศโครงการต่อสู้เพื่อต่อต้านจักรววรดินิยมอังกฤษ ฝ่ายบริหารอาณานิคมมลายาได้ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินเมื่อ 16 มิถุนายน พ.ศ. 2491เพื่อรับมือกับการก่อกบฏของพรรคคอมมิวนิสต์ หลังจากสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ฆ่าผู้จัดการชาวยุโรป 3 คนที่ซูไงซีปุต พรรคถูกคว่ำบาตรในเดือนกรกฎาคม นักประวัติศาสตร์สิงคโปร์และผู้ต่อต้านคอมมิวนิสต์ส่วนใหญ่กล่าวว่าจิน เปงเป็นผู้สั่งฆ่า แต่จิน เปงปฏิเสธ จากนั้นจึงเกิดสงครามกลางเมืองที่เรียกว่าเหตุฉุกเฉินมลายา ใน พ.ศ. 2498 ทางพรรคถูกปราบปรามจนพ่ายแพ้ กองกำลังที่เหลือหนีมารวมกันที่ชายแดนไทย ในเดือนพฤศจิกายนของปีนั้น จีนเป็งเข้าร่วมในการเจรจาบาลิงกับมุขมนตรีมลายาและสิงคโปร์รวมทั้งตัวแทนจากไทย แต่การเจรจาล้มเหลว ข้อเสนอของจีนเป็งที่ต้องการให้พรรคคอมมิวนิสต์เป็นพรรคถูกกฎหมายถูกปฏิเสธ จน พ.ศ. 2503 จิน เปงถอนตัวมายังภาคใต้ของไทยและใช้เป็นฐานที่มั่นในการต่อสู้ต่อมา เขายังออกวิทยุกระจายเสียงในรายการเสียงแห่งการปฏิวัติมลายา ที่เป็นสถานีวิทยุใต้ดิน กระจายเสียงมาจากภาคใต้ของจีน ใน พ.ศ. 2513 หน่วยสู้รบแบบกองโจรของพรรคที่มีฐานในประเทศไทยแตกแยกกันเอง จิน เปงเดินทางไปยังจีนและประกาศไม่ยุ่งเกี่ยวด้วย

ใน พ.ศ. 2532 พรรคคอมมิวนิสต์ได้ลงนามสงบศึกที่หาดใหญ่เมื่อ 2 ธันวาคม โดยตัวแทนพรรคมี จิน เปง ราชิด ไมดิน และ อับดุลลอห์ ซีดี สมาชิกพรรคที่เป็นคนมาเลเซียจะได้รับอนุญาตให้กลับคืนสู่มาเลเซียได้