จิน เปงเสียชีวิตเมื่ออายุ 88 ปี ในโรงพยาบาลที่กรุงเทพฯเมื่อ 16 กันยายน พ.ศ. 2556 ร่างของเขาถูกเผาในกรุงเทพฯ แม้เขาต้องการให้ฝังในซิเตียวัน รัฐบาลมาเลเซียปฏิเสธไม่ให้นำร่างของเขาเข้าประเทศ โดยกล่าวว่าสิทธิตามสนธิสัญญาสิ้นสุดลงแล้วและเขาไม่มีสิทธิ์กลับมา[4] ใน พ.ศ. 2549 ภาพยนตร์เชิงสารคดีเกี่ยวกับจิน เปง ในชื่อเรื่องคอมมิวนิสต์คนสุดท้าย ถูกคว่ำบาตรในมาเลเซีย[5]