หลังเหตุการณ์พฤษภาทมิฬ พรรคประชาธิปัตย์ชนะได้ที่นั่งมากที่สุดในสภาหลังการเลือกตั้งทั่วไปเดือนกันยายน 2535 โดยได้ 79 ที่นั่ง ชนะพรรคชาติไทยที่ได้ 77 ที่นั่ง ชวนตั้งรัฐบาลผสมกับพรรคความหวังใหม่และพรรคเอกภาพ พรรคพลังธรรมเข้าร่วมคณะรัฐมนตรีหลังพรรคความหวังใหม่ออกจากรัฐบาลในปี 2537

รัฐบาลชวนล่มเมื่อสมาชิกคณะรัฐมนตรีไปมีส่วนในเอกสารโครงการปฏิรูปที่ดิน สปก. 4-01 ซึ่งมีการจำหน่ายในจังหวัดภูเก็ต เกิดการวิจารณ์จากสาธารณะและสื่ออย่างหนักจนต้องยุบสภาผู้แทนราษฎร[12]

• วันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540[13] - 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2543 ชวน หลีกภัย ได้ดำรงตำแหน่งเป็นนายกรัฐมนตรีในสมัยที่สอง โดยรับช่วงต่อหลังจากพลเอก ชวลิต ยงใจยุทธ ลาออกจากตำแหน่งเนื่องจากเกิดปัญหาเศรษฐกิจอย่างหนักจนต้องลอยตัวค่าเงินบาท กองทัพไม่ได้ต่อต้านการคืนสู่ตำแหน่งของเขา ชวนได้แต่งตั้งคณะทำงานด้านเศรษฐกิจที่น่าเชื่อถือจนได้รับความเชื่อถือและเห็นชอบจากสถาบันการเงินนานาชาติและสหรัฐอเมริกา มุ่งไปสู่การฟื้นตัวทางเศรษฐกิจ อีกทั้งรัฐบาลผสมก็เอาชนะความพยายามของฝ่ายค้านในการอภิปรายไม่ไว้วางใจ แม้ชวนจะไม่ใช่นักการเมืองที่น่าดึงดูดใจ แต่ก็ได้รับการสนับสนุนและไว้วางใจ เพราะถูกมองว่าซื่อสัตย์ มุ่งปฏิรูประบอบประชาธิปไตยและขจัดการฉ้อราษฎร์บังหลวง[14]

การดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในสมัยที่สอง ถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าไม่เคารพกติกาประชาธิปไตย[ต้องการอ้างอิง] เนื่องจากรัฐบาลจัดตั้งขึ้น โดยกลุ่มของพรรคการเมืองฝ่ายค้าน ขณะที่ฝ่ายรัฐบาลเดิมสนับสนุนให้พลเอก ชาติชาย ชุณหะวัณ หัวหน้าพรรคชาติพัฒนา ดำรงตำแหน่งแทน โดยการสนับสนุนของพรรคความหวังใหม่ (125 คน) พรรคชาติพัฒนา (52 คน) พรรคประชากรไทย (18 คน) และ พรรคมวลชน (2 คน) รวม 197 เสียง ส่วนฝ่ายค้านเดิมนำโดยพรรคประชาธิปัตย์ (123 คน) ร่วมกับพรรคชาติไทย (39 คน) พรรคเอกภาพ (8 คน) พรรคพลังธรรม (1 คน) พรรคไท (1 คน) และพรรคร่วมรัฐบาลเดิม ได้แก่ พรรคกิจสังคม (20 คน) และพรรคเสรีธรรม (4 คน) สนับสนุนชวน หลีกภัย ด้วยเสียงทั้งสิ้นรวม 196 เสียง ซึ่งน้อยกว่าฝ่ายรัฐบาล 1 เสียง[15]

การดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีของชวน หลีกภัย ก่อให้เกิดกลุ่มการเมืองชื่อ กลุ่มงูเห่า หมายถึง สมาชิกพรรคประชากรไทย 12 คนที่สนับสนุนรัฐบาลโดยคำชวนของพลตรี สนั่น ขจรประศาสน์ จนถูกพรรคประชากรไทยขับออกจากการเป็นสมาชิกพรรค และส่งผลให้สิ้นสุดสถานภาพสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรตามกฎหมาย กลุ่มงูเห่าทั้ง 12 คน ได้ยื่นคำร้องต่อศาลรัฐธรรมนูญ ศาลรัฐธรรมนูญมีคำวินิจฉัยว่ามติดังกล่าวเป็นมติที่ไม่ชอบ ขัดต่อการปฏิบัติหน้าที่ของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรตามรัฐธรรมนูญ ส่งผลให้สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรทั้ง 12 คน ยังคงสถานภาพ และหาพรรคใหม่สังกัด[ต้องการอ้างอิง]

นอกจากกรณีกลุ่มงูเห่าแล้ว ยังมีกรณีรัฐมนตรีร่วมรัฐบาลที่ได้รับการตัดสินว่ามีความผิดทางการเมืองอีก 2 ท่าน ได้แก่ นายรักเกียรติ สุขธนะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขและ พลตรีสนั่น ขจรประศาสน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย โดยนายรักเกียรติ สุขธนะ (พรรคชาติไทย) ได้รับคำพิพากษาตัดสินจาก ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ให้จำคุกเป็นเวลา 5 ปี ฐานเรียกรับสินบนบริษัทยา ทีเอ็น พี เฮลท์ แคร์ จำกัด ซึ่งนับว่าเป็นรัฐบาลชุดแรกที่รัฐมนตรีร่วมรัฐบาล ได้รับโทษถึงที่สุดให้จำคุกจากการทุจริตในระหว่างการดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีในคณะรัฐบาล

นอกจากนี้ พล.ต.สนั่น ขจรประศาสน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ของรัฐบาลนายชวน หลีกภัยและเลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ ก็ได้รับคำพิพากษาจากศาลรัฐธรรมนูญ ห้ามยุ่งเกี่ยวกับการเมืองเป็นเวลา 5 ปี จากการรายงานบัญชีทรัพย์สินตกหล่น

แม้ว่าชวนจะได้ชื่อว่าเป็นนักการเมืองที่มือสะอาด จนได้รับฉายา Mr. Clean (นายสะอาด) [16] แต่รัฐบาลเขาเต็มไปด้วยกรณีอื้อฉาวและข่าวลือการฉ้อราษฎร์บังหลวง โดยรักเกียรติ สุขธนะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ถูกตั้งข้อหาว่ารับสินบน 5 ล้านบาทจากบริษัทยาแห่งหนึ่งและบังคับให้โรงพยาบาลของรัฐซื้อยาราคาสูงเกินจริง, สุเทพ เทือกสุบรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมและการสื่อสาร ซึ่งถูกเชื่อมโยงกับการละเมิดกองทุนตั้งสหกรณ์ในจังหวัดสถราษฎร์ธานี[17], กรณีอื้อฉาวเมล็ดพันธุ์ "รั้วกินได้" ซึ่งมีการจำหน่ายเมล็ดพันธุ์เกินราคามหาศาลแก่พื้นที่ชนบท จนทำให้รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรต้องลาออก[18], กรณีอื้อฉาวการตัดไม้สาละวิน ซึ่งไม้บางส่วนไปปรากฏในสำนักงานพรรคประชาธิปัตย์ในจังหวัดพิจิตร[18] และสนั่น ขจรประศาสน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย และคณะรัฐมนตรีอื่นอีกแปดคนถูกพบว่าปกปิดการแจ้งบัญชีทรัพย์สิน

นอกจากนี้ การอนุมัติแต่งตั้ง จอมพลถนอม กิตติขจร เป็นนายทหารพิเศษประจำกรมทหารราบที่ 1 รักษาพระองค์ เมื่อปี พ.ศ. 2542 ท่ามกลางกระแสไม่พอใจของสังคม สื่อมวลชน และโดยเฉพาะญาติของผู้เสียชีวิต/สูญหายในเหตุการณ์ 14 ตุลา 16 และ 6 ตุลา 19[19]