ชาไข่มุกพบครั้งแรกในประเทศไต้หวัน ช่วงยุค 1980[4]

ร้านชาชุน ฉุ่ยถังในเมืองไถจง น่าจะเป็นร้านแรกที่คิดค้นเมนูชาไข่มุกขึ้นมา เมื่อปี 1988 ขณะที่กำลังประชุมอยู่นั้น คุณหลินชิ่วฮุย (ผู้จัดการฝ่ายพัฒนาผลิตภัณฑ์) ได้เทขนมหวานชิ้นเล็ก ๆ ลงไปในชา[5] ทุกคนในห้องประชุมเห็นว่าน่าสนใจ จึงทำออกมาขาย ปรากฏว่า ยอดขายดีมาก ทำลายสถิติเครื่องดื่มชนิดอื่น ๆ[5] บ้างก็ว่า ชาไข่มุกน่าจะมีที่มาจากร้านชาหานหลิน ที่เมืองไถหนาน ประเทศไต้หวัน ของนายถัวซ่งเหอ เขาใส่เม็ดสาคูสีขาวลงไปในชา ทำให้มันเหมือนไข่มุก เป็นที่มาของคำว่า "ชาไข่มุก" หลังจากนั้นไม่นาน หานหลินเปลี่ยนสีสาคูจากสีขาวเป็นสีดำแบบที่นิยมกันในปัจจุบัน ช่วงปี 1990 เครื่องดื่มชนิดนี้เป็นที่นิยมมากในเอเชียตะวันออก และ เอเชียตะวันออกเฉียงใต้[1]

ช่วงเดือนมิถุนายน ปี 2012 ร้านแมคคาเฟ่ของแมคโดนัลด์ สาขาในประเทศเยอรมันและออสเตรียเริ่มจำหน่ายชาไข่มุก มีให้เลือกหลากหลายทั้งชาดำ ชาเขียว และชาขาว, เลือกได้ทั้งแบบผสมและไม่ผสมนม รวมถึงน้ำเชื่อมผลไม้รสต่าง ๆ สามารถสรรสร้างเมนูใหม่ ๆ ได้มากกว่า 250 แบบ[6]