เมื่อก่อน เคยมีการรายงานว่า เม็ดสาคู, นมผง และน้ำเชื่อมรสผลไม้ มีส่วนผสมของสารปรุงแต่งต้องห้าม ในเดือนพฤษภาคม ปี 2011 ฟู้ดสแกนดอล ในไต้หวันตีแผ่เรื่องราวของ DEHP (สารเสริมสภาพพลาสติก) (สารเคมีพลาสติไซเซอร์ที่มีสารก่อมะเร็ง) ที่พบในสารกันบูดในเครื่องดื่มและน้ำเชื่อมรสผลไม้ต่าง ๆ ผลิตภัณฑ์เหล่านี้เป็นผลิตภัณฑ์ที่ส่งออกนอกประเทศ และใช้ในร้านชาไข่มุกทั่วโลก DEHP (สารเสริมสภาพพลาสติก) นี้มีผลกับระดับฮอร์โมนในร่างกาย[8][9] ช่วงเดือนมิถุนายน ปี 2011 กระทรวงสาธารณสุขของประเทศมาเลเซีย นายเลียว เทียงไหล ประกาศให้บริษัทที่จำหน่าย "น้ำเชื่อมรสสตอเบอร์รี่" (หนึ่งในส่วนผสมที่ใช้ในชาไข่มุกบางเมนู) หยุดจำหน่ายผลิตภัณฑ์ทั้งหมด เนื่องจากทดสอบแล้วพบว่า มีสารก่อมะเร็งดังกล่าวปะปนอยู่[10]

ในช่วงเดือนสิงหาคม ปี 2012 นักวิทยาศาสตร์จาก มหาวิทยาลัยอาเคิน (RWTH) ในประเทศเยอรมันได้ทำการวิเคราะห์ส่วนผสมของชาไข่มุกเพื่อหาสารอาจที่ก่อให้เกิดการแพ้ ผลการตรวจสอบ พบว่า มีส่วนผสมของ สไตรีน, อะซีโตฟีโนน และ สารที่ผ่านกรรมวิธีการเติมโบรมีน[11][12] หนังสือพิมพ์ในประเทศเยอรมัน Rheinische Post ตีพิมพ์บทวิเคราะห์ดังกล่าว ส่งผลให้ตัวแทนในประเทศเยอรมันของทางไต้หวันต้องออกมาแถลงการณ์ กล่าวว่า จะมีการตรวจสอบอาหารทุกประเภทในไต้หวันอย่างละเอียด[13] ต่อมา ในเดือนกันยายน องค์การอาหารและยาของไต้หวันได้ออกมาแจ้งผลการวิเคราะห์รอบสองซึ่งผ่านการควบคุมโดยองค์กรประเทศเยอรมัน พบว่า ชาไข่มุกของไต้หวันปลอดจากสารที่ก่อให้เกิดมะเร็ง ไม่พบส่วนผสมของโลหะหนัก หรือสารอื่น ๆ ที่ก่อให้เกิดอันตรายต่อร่างกายแต่อย่างใด[14]

ในเดือนพฤษภาคม ปี 2013 องค์การอาหารและยาของไต้หวันออกแถลงการณ์เรื่อง การตรวจพบกรดมาเลอิก (สารปรุงแต่งอาหารที่ยังไม่ผ่านการรับรอง) ในอาหารบางประเภทรวมถึงเม็ดไข่มุกสาคู[15] ทั้งนี้ หน่วยงานตรวจสอบอาหารของประเทศสิงคโปร์ได้ทำการทดสอบ และตรวจพบเจอสารดังกล่าวในเม็ดไข่มุกสาคูของบางร้านค้า และในผลิตภัณฑ์อื่น ๆ ที่มีแป้งเป็นส่วนประกอบด้วยเช่นกัน[16]