เดิมชาวบัลตินับถือลัทธิบอนและศาสนาพุทธแบบทิเบต ในเวลาต่อมาศาสนาอิสลามได้เข้ามาเผยแผ่แถบบัลติสถานผ่านนักบวชซูฟี หนึ่งในนั้นคือ อามีร์ กาบีร์ ซัยยิด อะลี ฮามาดานี (Kabeer Syed Ali Hamadani) ซึ่งเคยมาเผยแผ่ช่วงสตวรรษที่ 15 จนกลายเป็นผู้ทรงอิทธิพล กระนั้นบัลติยังคงคติวัฒนธรรมก่อนอิสลามจากลัทธิบอนและพุทธแบบทิเบตไว้หลายอย่างจนมีลักษณะเฉพาะ เช่น การฉลุลวดลายสวัสดิกะอันเป็นสัญลักษณ์แห่งมงคล พบได้ตามมัสยิดเก่า และมีพิธีกรรมแสดงความเคารพต่อเทพลา (Lha) และลู (Lhu) ซึ่งเป็นเทพเจ้าในลัทธิบอน ตามความเชื่อในหมู่บ้าน

ชาวบัลติให้ความสำคัญต่อการชุมนุมในมัสยิดหรือคานกะฮ์ (Khanqah) โดยคานกะฮ์จะเป็นสถานที่ฝึกอบรมธรรมจริยา มีมาตั้งแต่ยุคแรกเริ่มที่มีธรรมิกชนเข้ามาเผยแผ่ศาสนาในภูมิภาค นักเรียนจะได้รับการการขัดเกลาและอบรม (ตัซกียะฮ์) ผ่านกิจกรรมต่าง ๆ (การทำสมาธิและเพ่งพินิจ) ภายใต้การดูแลจากผู้ที่ผ่านการอบรมจนบรรลุแล้ว

มัสยิดในบัลติสถานส่วนใหญ่จะก่อสร้างด้วยสถาปัตยกรรมแบบทิเบต หลายแห่งสร้างด้วยไม้และประดับตกแต่งด้วยศิลปะอย่างโมกุลดั้งเดิม พบได้ในลาดักและการ์คิล ชาวมุสลิมทุกคนจะอดอาหารช่วงเดือนรอมฎอนและจะมีการเฉลิมฉลองหลังการละศีลอด

ปัจจุบันชาวบัลติส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม แบ่งเป็นนิกายชีอะฮ์ร้อยละ 60, นิกายนูร์บัคชีอะฮ์ร้อยละ 30 และนิกายซุนนีร้อยละ 10[4] และมีชาวบัลติที่อาศัยแถบหุบเขาคาร์มังและการ์คิลตะวันตกยังนับถือลัทธิบอนและศาสนาพุทธราว 3,000 คน[5]