ชาวบาหลีส่วนใหญ่มีความเชื่อเกี่ยวกับลัทธิวารีศักดิ์สิทธิ์ (Agama Tirta) อันเป็นแนวทางหนึ่งในไศวนิกายของศาสนาฮินดู โดยมีนักบวชจากอินเดียเดินทางมาเผยแผ่ทั้งศาสนา รวมทั้งวรรณกรรมของฮินดู-พุทธในหลายศตวรรษก่อน ซึ่งชาวบาหลีได้นำมาผสานความเชื่อเข้ากับคติชนพื้นเมืองด้วย[11]

นอกจากนี้ยังมีกลุ่มชนหนึ่งที่เรียกว่าบาหลีอากา ซึ่งเป็นชนพื้นเมืองที่อพยพเข้ามาก่อนการอพยพครั้งที่สาม และอาศัยอยู่ในชนบทอันห่างไกลนั้นนับถือผีหาได้นับถือฮินดูอย่างชาวบาหลีไม่