ชาวไทยเชื้อสายเขมรส่วนใหญ่นับถือพระพุทธศาสนานิกายเถรวาท ช่วงเข้าพรรษาจะมีประเพณีกันซง ซึ่งเป็นประเพณีการถือศีล นำอาหารไปทำบุญ ที่วัด 8 วัน หรือ 15 วัน นอกจากนั้นยังมีความเชื่อเรื่องผีบรรพบุรุษ จะมีประเพณีไหว้บรรพบุรุษ เรียกว่า ประเพณีเบ็นหรืองาน แคเบ็น ซึ่งตรงกับสารทไทย พิธีมงก็วลจองได เป็นพิธีสู่ขวัญแบบพื้นบ้าน นิยมจัดในงานมงคล เช่น งานมงคลสมรส ขวัญนาค โกนจุก ยกเสาเอก ขึ้นบ้านใหม่ เป็นต้น พิธีมอม็วด เป็นพิธีที่ทำเพื่อหาสาเหตุการเจ็บป่วย โดยผู้เข้าทรงจะเชิญวิญญาณมาเข้าสู่ร่าง และจะมีผู้คอยซักถามว่าเหตุใดถึงได้เจ็บป่วย นอกจากนั้นชาวไทยเชื้อสายเขมรยังเชื่อเรื่องโชคราง ของขลัง ฤกษ์ยามเครื่องราง ของขลังบางอย่างสามารถป้องกันภัยและรักษาโรคได้[7]

นอกจากพระพุทธศาสนาแล้ว ชาวไทยเชื้อสายเขมรบางส่วนก็นับถือคริสต์ศาสนาอย่างเช่นในชุมชนวัดคอนเซ็ปชัญ[12] ในซอยมิตตคาม ถนนสามเสน แขวงวชิรพยาบาล เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร ที่ได้กวาดต้อนชาวเขมรที่นับถือศาสนาคริสต์มาอาศัยอยู่ร่วมกับชุมชนชาวไทยเชื้อสายโปรตุเกส ในช่วงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 โดยได้ทำการกวาดต้อนมาประมาณ 500 คน โดยเป็นชาวโปรตุเกส 450 คน และชาวเขมรอีก 100 คน[13] โดยกลุ่มชาวเขมรที่นับถือศาสนาคริสต์ได้นำรูปสลักพระแม่มารี หรือ พระแม่ขนมจีน หรือ พระแม่ตุ้งติ้ง มาด้วย ภายหลังมีการอัญเชิญรูปสลักนี้กลับกัมพูชา แต่ก็เกิดเหตุอัศจรรย์ทำให้ไปต่อไม่ได้ จึงนำกลับมาประดิษฐาน ณ วัดคอนเซ็ปชัญตามเดิม[14] ด้วยเหตุที่มีชาวเขมรเข้ามาตั้งถิ่นฐานภายในชุมชน จึงทำให้วัดคอนเซ็ปชัญมีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่ง คือ วัดเขมร[13] โดยอาหารที่ขึ้นชื่อของชาวไทยเชื้อสายเขมรในวัดคอนเซ็ปชัญคือ หมูหัน