การติดเชื้อไวรัสนี้จะมีระยะฟักตัวของเชื้อ (incubation period) 2-4 วัน ทำให้มีไข้ประมาณ 40 องศาเซลเซียส และมีจุดเลือดออกหรือผื่นแดง (petechial or maculopapular rash) ในบริเวณลำตัวและอาจเกิดในบริเวณแขนและขาด้วย และมีอาการปวดข้อในหลายๆข้อ[9] อาการอื่นๆอาจรวมการปวดหัว (headache) เยื่อตาอักเสบหรือติดเชื้อ (conjunctival infection) และแพ้แสงเล็กน้อย (slight photophobia) โดยปกติไข้จะมีอยู่ประมาณ 2 วัน และหายไข้โดยทันที อาการอื่นๆ เช่น การปวดข้อ, การปวดหัวอย่างรุนแรง, นอนไม่หลับ ฯลฯ จะเป็นอยู่นานกว่าอาการไข้ คือตั้งแต่ 5-7 วัน [9] ทั้งนี้อาการปวดข้อของผู้ป่วยยังขึ้นกับอายุของผู้ป่วยด้วย[10][11]

การวินิจฉัยโรค

มักใช้การวินิจฉัยโดยกระบวนการ RT-PCR การแยกเชื้อไวรัส (virus isolation) และ การทดสอบทางระบบภูมิคุ้มกัน (serological tests)

• การแยกเชื้อไวรัสจะให้ผลที่แม่นยำที่สุด แต่ใช้เวลาถึง 1-2 สัปดาห์ และต้องทำการทดลองในห้องปฏิบัติการระดับ 3 (Biosafety level 3 laboratories) [12] โดยใช้วิธีการเก็บตัวอย่างเลือดผู้ป่วยมาตรวจหาเชื้อ
• RT-PCR โดยใช้ nested primer pairs เพื่อเพิ่มจำนวน (amplify) ยีนจำเพาะของเชื้อไวรัสจากเลือด โดยจะได้ผลการตรวจใน1-2วัน[12]
• การทดสอบทางระบบภูมิคุ้มกัน (Serological diagnosis) ต้องใช้เลือดผู้ป่วยเป็นจำนวนมาก และใช้วิธี ELISAเพื่อตรวจหาระดับแอนติบอดี้-M ต่อเชื้อชิคุนกุนยา (Chikungunya-specific IgM levels) โดยใช้เวลา 2-3 วัน สามารถให้ผลบวกปลอมได้ (false positives) ซึ่งอาจเกิดจากการที่ร่างกายมีแอนติบอดี้ต่อ ไวรัสO'nyong'nyong และ ไวรัสSemliki Forest[12]