พื้นที่บริเวณชิซูอิมีผู้คนอาศัยอยู่อย่างน้อยก็ตั้งแต่ยุคหินของญี่ปุ่น และนักโบราณคดีก็ได้พบเครื่องมือหินและฐานรากของบ้านที่มีอายุเมื่อ 24,000 ปีก่อน ในยุคมูโรมาจิ พื้นที่นี้อยู่ภายใต้การควบคุมของตระกูลชิบะ หลังจากเริ่มยุคเอโดะ พื้นที่ส่วนใหญ่ของชิซูอิเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาซากูระ ซึ่งเป็นแคว้นศักดินาภายใต้รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ หลังจากการฟื้นฟูเมจิ เมืองชิซูอิก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1889 ในอำเภออิมบะ จังหวัดชิบะ โดยตั้งขึ้นเป็นระบบเทศบาลสมัยใหม่ ในยุคปัจจุบัน มีข้อเสนอที่จะรวมเมืองชิซูอิเข้ากับนครซากูระที่อยู่ใกล้เคียง แต่ก็ไม่ผ่านการลงประชามติในปี 2002