กลุ่มโรชิงุมิได้รับการสนับสนุนด้านเงินทุนจากรัฐบาลโทะกุงะวะ แต่อย่างไรก็ตาม เป้าหมายที่แท้จริงของคิโยะคะวะ ฮะจิโร ซึ่งถูกเปิดเผยเมื่อนำกลุ่มมาถึงนครเกียวโตก็คือ การรวบรวมโรนินเพื่อทำงานสนับสนุนองค์พระจักรพรรดิ เพื่อเป็นการตอบโต้ สมาชิกของกลุ่มโรชิงุมิจำนวน 13 คน จึงได้แยกตัวออกมาจัดตั้งกลุ่มชินเซ็งงุมิ และสมาชิกที่ภักดีต่อรัฐบาลโทะกุงะวะอีกส่วนหนึ่งก็ได้แยกตัวกลับไปที่เอะโดะและก่อตั้งกลุ่มชินโชงุมิขึ้น (新徴組) โดยอยู่ภายใต้การสนับสนุนของแคว้นโชไน[4]

ในชั้นแรก กลุ่มชินเซ็งงุมิเป็นที่รู้จักกันในชื่อ "มิบุโร" (壬生浪) ซึ่งหมายถึง "โรนินแห่งมิบุ" (ย่อจากคำเต็ม "มิบุโรชิงุมิ" หรือ "กลุ่มโรชิงุมิแห่งมิบุ") เนื่องจากว่าพวกเขาได้ตั้งกลุ่มอยู่ที่หมู่บ้านมิบุซึ่งเป็นพื้นที่ชานเมืองของนครเกียวโต อย่างไรก็ตาม กิตติศัพท์ของกลุ่มเปลี่ยนไปในทางไม่ดีจากการปฏิบัติการที่เฉียบขาดและรุนแรง ในไม่ช้าฉายาของกลุ่มจึงเปลี่ยนไปเป็น "ฝูงหมาป่าแห่งมิบุ" แทน ชื่อดังกล่าวนี้ในภาษาญี่ปุ่นออกเสียงว่า "มิบุโร" เหมือนกัน แต่ใช้อักษรคนละตัว (壬生狼) ส่วนชื่อชินเซ็งงุมิซึ่งได้มาภายหลังนั้น มีความหมายว่า "กลุ่มผู้ถูกคัดเลือกใหม่" ("ชิน" หมายถึง "ใหม่", เซ็น" หมายถึง "คัดเลือก", "งุมิ" หมายถึง "กลุ่ม", "กอง" หรือ "หมวด")

ผู้บัญชาการกลุ่มในชั้นดั้งเดิมที่สุดนั้น ได้แก่ เซะริซะวะ คะโมะ, คนโด อิซะมิ, และ นิอิมิ นิชิกิ ในชั้นต้นนั้น กลุ่มมิบุโรประกอบด้วยกลุ่มย่อย 3 กลุ่ม คือ กลุ่มเซะริซะวะ กลุ่มคนโด และกลุ่มโทะโนะอุจิ ดังรายชื่อที่ปรากฏเบื้องล่าง อย่างไรก็ตาม โทะโนะอุจิและอิเอะซะโตได้ถูกสังหารหลังจากการตั้งกลุ่มไม่นานนัก

หลังการกวาดล้างกลุ่มของโทะโนะอุจิ โยะชิโอะแล้ว กลุ่มมิบุโรก็เหลือกำลังหลักเพียง 2 กลุ่มย่อย คือ กลุ่มซามูไรชาวแคว้นมิโตะของเซะริซะวะ และกลุ่มศิษย์สำนักดาบชิเอคังของคนโด ทั้งสองกลุ่มนี้ยังคงมีที่มั่นอยู่ที่หมู่บ้านมิบุ ชานกรุงเกียวโต ต่อมาทางกลุ่มได้ส่งจดหมายไปยังทางแคว้นไอสึเพื่อขออนุญาตทำหน้าที่ตรวจการในนครเกียวโต และปฏิบัติการต่อต้านบรรดานักปฏิวัติซึ่งเทิดทูนจักรพรรดิและต้องการล้มล้างรัฐบาลโทกุงะวะ ซึ่งคำร้องขอดังกล่าวนี้ได้รับการอนุมัติ

ในวันที่ 30 กันยายน (ตรงกับวันที่ 18 เดือน 8 ทางจันทรคติญี่ปุ่น) รัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะ แคว้นไอสึ และแคว้นซัตสึมะ ได้ร่วมกันขับไล่แคว้นโจชูให้ออกไปจากราชสำนักพระจักรพรรดิ สมาชิกทุกคนของกลุ่มมิบุโรชิงุมิได้ถูกส่งให้มาช่วยเหลือทางแคว้นไอสึและคอยรักษาประตูพระราชวังมิให้ฝ่ายโจชูเข้ามาในราชสำนักได้ เหตุการณ์ดังกล่าวทำให้อำนาจในเวทีการเมืองของเกียวโตยกระดับขึ้นจากทั้งจากกลุ่มต่อต้านรัฐบาลโชกุนจากแคว้นโจชู และกลุ่มสนับสนุนรัฐบาลโชกุนจากแคว้นไอสึ ชื่อของกลุ่มชินเซ็งงุมิได้ถือกำเนิดขึ้นในช่วงนี้จากผลงานการรักษาประตูพระราชวังของกลุ่มมิบุโรชิงุมิ ซึ่งเกี่ยวกับผู้ที่มอบชื่อนี้ให้ ในทางหนึ่งกล่าวว่ามาจากทางฝ่ายราชสำนัก อีกทางหนึ่งกล่าวว่ามาจากมัตซึไดระ คะตะโมะริ ไดเมียวแห่งแคว้นไอสึ[6]

ศัตรูที่สำคัญที่สุดของกลุ่มชินเซ็งงุมิ ได้แก่พวกโรนินแห่งตระกูลโมริจากแคว้นโจชู และต่อมาภายหลังก็ได้แก่อดีตพันธมิตรซามูไรของตระกูลชิมะสึจากแคว้นซัตซึมะ ซึ่งมีจุดยืนในการสนับสนุนพระจักรพรรดิ

การกระทำอย่างสะเพร่าของเซะริซะวะและนิอิมิ ซึ่งทำในนามของกลุ่มชินเซ็งงุมิ ได้ทำให้ทั้งกลุ่มกลายเป็นที่หวาดกลัวทั่วทั้งเกียวโตเมื่อออกปฏิบัติการรักษาความสงบภายในพระนคร ในวันที่ 19 ตุลาคม ค.ศ. 1863 นิอิมิ นิชิกิ ซึ่งถูกลดขั้นเป็นเพียงรองหัวหน้ากลุ่มจากเหตุที่ไปต่อสู้กับกลุ่มซูโม่ ได้ถูกฮิจิคะตะและยะมะนะมิสั่งให้คว้านท้องตนเอง และอีกไม่เกิน 2 สัปดาห์ให้หลัง เซะริซะวะ คะโมะก็ถูกลอบสังหารโดยสมาชิกกลุ่มของคนโด ภายใต้คำสั่งการของมัตซึไดระ คะตะโมะริ

ปฏิบัติการในคดีอิเคะดะยะ (池田屋事件 - อิเคะดะยะจิเค็น) ในปี ค.ศ. 1864 ซึ่งทำให้นครเกียวโตรอดพ้นจากการวางเพลิงโดยซามูไรหัวรุนแรงชาวแคว้นโจชู ได้ทำให้กลุ่มชินเซ็งงุมิโด่งดังในชั่วข้ามคืน มีคนเข้าสมัครเป็นสมาชิกกลุ่มเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว จนทำให้ต้องมีการจัดระบบภายในเสียใหม่

กลุ่มชินเซ็งงุมิซึ่งมีจุดยืนที่ภักดีต่อรัฐบาลโชกุน ได้ถอนตัวออกจากกรุงเกียวโตอย่างสงบภายใต้การควบคุมของนะงะอิ นะโอะยุกิ ขุนนางตำแหน่งวะกะโดะชิโยะริของรัฐบาลโชกุน ก่อนหน้าการยอมจำนนต่อราชสำนักของโชกุนโทะกุงะวะ โยะชิโนะบุ ไม่นานนัก [7] ถึงอย่างไรก็ดี ในฐานะที่กลุ่มดังกล่าวได้ถูกจัดเป็นกองรักษาการณ์ประจำเมืองฟุชิมิ ในไม่ช้ากลุ่มชินเซ็งงุมิจึงได้เข้าร่วมในยุทธการโทะบะ-ฟุชิมิด้วย [8] ในเวลาต่อมาขณะที่ยังคงมีการต่อสู้เกิดขึ้นที่นอกนครเอะโดะ คนโด อิซะมิ ผู้นำของกลุ่มได้ถูกฝ่ายรัฐบาลในพระนามของจักรพรรดิเมจิจับเป็นเชลยและประหารชีวิตด้วยการตัดศีรษะ กลุ่มชินเซ็งงุมิที่เหลืออยู่บางส่วนได้อยู่ภายใต้การนำของไซโต ฮะจิเมะ เพื่อต่อสู้ป้องกันแคว้นไอสึ สมาชิกที่เหลืออีกจำนวนมากภายใต้การนำของฮิจิคะตะ โทะชิโซ ได้แตกหนีขึ้นไปทางเหนือเพื่อสมทบเข้ากับกองกำลังของสาธารณรัฐเอะโสะ[9] ในช่วงระยะเวลาดังกล่าวนี้ กลุ่มชินเซ็งงุมิสามารถฟื้นฟูกำลังของตนขึ้นมาได้บางส่วนอีกครั้ง โดยมีจำนวนสมาชิกมากกว่า 100 คน โดยทั่วไปแล้วถือกันว่ามรณกรรมของฮิจิคะตะ โทะชิโซ เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน (ตรงกับวันที่ 11 เดือน 5 ตามปฏิทินจันทรคติญี่ปุ่น) ค.ศ. 1869 คือจุดสิ้นสุดของกลุ่มชินเซ็งงุมิ แม้ว่าจะมีกำลังบางส่วนภายใต้การนำของนะงะอิ นะโอะยุกิ ที่เบ็นเท็น-ไดบะ ได้ทำการยอมจำนนเป็นการต่างหากในภายหลังก็ตาม[10]

มีสมาชิกระดับแกนนำสำคัญของกลุ่มจำนวนไม่มากที่รอดชีวิตหลังจากการสลายกลุ่ม เช่น นะงะคุระ ชิมปะจิ, ไซโต ฮะจิเมะ และชิมะดะ ไค สมาชิกบางคน เช่น ทะคะงิ เทซะคุ ได้กลายบุคคลสำคัญในวงสังคมญี่ปุ่นในเวลาต่อมา[11]