ในทางปฏิบัติของชื่อพ้องในระบบการตั้งชื่อทางพฤกษศาสตร์มีความแตกต่างในคำศัพท์และรายละเอียดเล็กน้อยจากระบบการตั้งชื่อทางสัตววิทยา ตรงชื่อที่ถูกต้องนับรวมไปในชื่อพ้องด้วย โดยชื่อแรกนั้นเป็น "ชื่อพ้องหลัก":

• ชื่อพ้องทางพฤกษศาสตร์คือ "ชื่อพ้องรอง" ในทางสัตววิทยา
• ชื่อพ้องโฮโมไทปิกหรือชื่อพ้องการตั้งชื่อในทางพฤกษศาสตร์คือ "พ้องปรนัย" ในทางสัตววิทยา
• ชื่อพ้องเฮเทอโรไทปิกหรือชื่อพ้องการจัดชั้นในทางพฤกษศาสตร์คือ "พ้องอัตนัย" ในทางสัตววิทยา