ในเดือน กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2531 ในการลงจากตำแหน่งประธานาธิบดีเพราะสิ้นสุดสมัยของเขา ชอนยังมีชื่อเป็นประธานของคณะกรรมการรัฐบุรุษแห่งชาติ และจากตำแหน่งนี้ทำให้เขายังมีอิทธิพลในการเมืองระดับชาติอยู่ และในปีนั้นพรรคดีเจพีเสียที่นั่งในการเลือกตั้งสภาระดับชาติให้กับฝ่ายค้านหลายที่นั่ง ปูทางไปสู่สิ่งที่เรียกว่า "การไต่สวนสาธารณรัฐที่ 5" การไต่สวนนี้รัฐสภาได้จุดประกายเรื่องเหตุการณ์ขบวนการเรียกร้องประชาธิปไตยในกวางจูและจะเป็นผู้รับผิดชอบอย่างไรกับการฆาตกรรมหมู่ ในวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2531 ชอนได้ออกแถลงการณ์ขอโทษต่อหน้าสาธารณชนทั่วประเทศ และให้เงินของเขากลับคืนสู่ประเทศชอนลาออกจากทั้งตำแหน่งประธานคณะกรรมการรัฐบุรุษแห่งชาติและตำแหน่งในพรรคดีเจพี

โนห์ แทวู

ช็อนเป็นผู้ให้การสนับหลักในการเป็นประธานาธิบดีของโนห์ แทวู

คิม ยองซัม

ภายหลังคิม ยองซัมทำพิธีสาบานตนเข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดีในปี พ.ศ. 2536 คิมประกาศว่าระหว่างสมัยของ ช็อน ดู-ฮวัน กับสมัยของ โนห์ แทวู นั้นมีการรับสินบนถึง 4 แสนล้านวอน และพวกเขาต้องถูกควบคุมตัวเพื่อไต่สวนพิสูจน์ความจริง

การสืบสวน ชอนและโนห์

ในวันที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2538 ประชาชนพากันร้องไห้อย่างเสียงดัง ในเรื่องเกี่ยวกับการรัฐประหาร 12 ธันวาคม พ.ศ. 2521 และเหตุการณ์นองเลือดในกวางจู ดังนั้น คิม ยองซัมได้ประกาศเริ่มต้นการเคลื่อนไหวออกกฎหมายเอาผิดย้อนหลัง ที่มีชื่อว่า ร่างรัฐบัญญัติพิเศษ 5-18 การเคลื่อนไหวเพื่อประชาธิปไตย ทันทีที่ศาลรัฐธรรมนูญประกาศว่าการกระทำของชอนขัดต่อรัฐธรรมนูญ ทำให้พนักงานอัยการเริ่มทำการสืบสวนอีกครั้ง ในวันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2538 ชอนและอีก 16 คนถูกจับกุมในข้อหาสมคบคิดและก่อการกบฏ ในเวลาเดียวกันการสืบสวนในเรื่องการฉ้อราษฎร์บังหลวงในช่วงที่เป็นประธานาธิบดีก็ได้เริ่มต้นขึ้น

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2539 การไต่สวนต่อสาธารณชนก็เริ่มต้นขึ้น วันที่ 26 สิงหาคม ศาลเขตกรุงโซลก็มีคำพิพากษาประหารชีวิต ต่อมาในวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2539 ศาลสูงเขตกรุงโซลได้ออกคำพิพากษาให้จำคุกและจ่ายค่าปรับคำนวณ 220,500,000,000 วอน ในวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2540 การตัดสินคดีได้มาถึงที่ศาลสูง ชอนได้ถูกพิพากษาว่ามีความผิด เป็นผู้นำในการก่อการจลาจล,สมคบคิดในการก่อจลาจล,เข้าไปมีส่วนร่วมในการจลาจล,ออกคำสั่งเคลื่อนย้ายกำลังพลโดยมิชอบ,ละทิ้งหน้าที่ระหว่างกฎอัยการศึก,ฆาตกรรมข้าราชการระดับสูง,พยายามฆาตกรรมข้าราชการระดับสูง,ฆาตกรรมนายทหารผู้ใต้บังคับบัญชา,เป็นผู้นำในการก่อการกบฏ,สมคบคิดในการก่อกบฏ,เข้าไปมีส่วนร่วมในการกบฏ,ฆาตกรรมโดยมีเหตุจูงใจเพื่อก่อกบฏและอาชญากรรมอย่างหลากหลายที่เกี่ยวข้องกับการรับสินบน

ภายหลังศาลได้อ่านคำพิพากษา ชอนเริ่มต้นชีวิตในเรือนจำ ในวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2540 คำพิพากษาของชอนได้รับการลดโทษโดยประธานาธิบดี คิม ยองซัม ด้วยคำแนะนำของคิม แดจุง แต่ชอนไม่ได้รับการลดโทษในส่วนที่เกี่ยวกับค่าปรับ เขาได้จ่ายจ่ายเพียง 53,200,000,000 วอน ไม่ถึงหนึ่งในสี่ส่วนของค่าปรับทั้งหมดที่ศาลพิพากษา ชอนได้กล่าวคำพูดที่มีชื่อเสียง โดยกล่าวว่า "ทั้งเนื้อทั้งตัวฉันมีเงินเพียง 25,000 วอนเท่านั้นที่อยู่ในชื่อของฉัน" ที่เหลืออีก 167,300,000,000 วอนนั้น ชอนไม่เคยได้จ่ายเลย

การเรียกคืนเหรียญตราทางทหาร

จากกฎหมาย "รัฐบัญญัติพิเศษ 18 พฤษภาคม" เหรียญตราทั้งหมดสำหรับทหารในการเข้าแทรกแซงขบวนการเรียกร้องประชาธิปไตยในกวางจูได้ถูกเรียกกลับคืนสู่รัฐบาล แต่ก็ยังเหลืออีก 9 เหรียญที่ยังไม่ได้คืนให้รัฐบาล