จากการรุกล้ำน่านน้ำญี่ปุ่นของเรือสินค้าต่างชาติที่มีมากขึ้นในช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 18 และต้นคริสต์ศตวรรษที่ 19 นโยบายปิดประเทศ (ซะโคะคุ) จึงถูกตั้งคำถามมากยิ่งขึ้น วลี "โจอิ" (ขับคนป่าเถื่อน) ได้กลายเป็นปฏิกิริยาต่อต้านสนธิสัญญาคะนะงะวะ ซึ่งบังคับให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศค้าขายกับชาวต่างชาติในปี ค.ศ. 1853 ภายใต้การคุกคามทางการทหารของพลเรือจัตวาแมธธิว เพอร์รี ซึ่งเป็นที่รู้จักในชื่อ "เรือดำ" นั้น การลงนามในสนธิสัญญาได้เกิดขึ้นภายใต้การคุกคามขู่เข็ญและการคัดค้านอย่างรุนแรงจากซามูไรหลายกลุ่ม ข้อเท็จจริงที่ว่ารัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะไร้ซึ่งอำนาจในการต่อต้านชาวต่างชาติแม้ว่าทางราชสำนักจะแสดงเจตจำนงดังกล่าวออกมาอย่างชัดเจนก็ตาม ได้กลายเป็นสิ่งที่โยะชิดะ โชอิน และผู้นำกลุ่มต่อต้านรัฐบาลโทะกุงะวะอื่นๆ ชี้ว่าหลักการ "ซนโน" (เทิดทูนจักรพรรดิ) ในปรัชญาดังกล่าวไม่ทำงาน และรัฐบาลโชกุน (บะคุฟุ) จะต้องถูกแทนที่ด้วยรัฐบาลที่สามารถแสดงความจงรักภักดีต่อจักรพรรดิได้มากกว่านี้ด้วยการตอบสนองตามเจตจำนงขององค์จักรพรรดิ

หลักปรัชญาซนโนโจอิจึงได้ถูกนำมาปรับใช้เป็นคำประกาศออกศึก (battle cry) ของกลุ่มกบฏแคว้นโจชูและแคว้นซะสึมะ ซึ่งทางราชสำนักที่เกียวโตก็มีท่าทีเข้าข้างขบวนการข้างต้นอย่างไม่น่าประหลาดใจนัก จักรพรรดิโคเมทรงเห็นด้วยในความรู้สึกดังกล่าวเป็นการส่วนพระองค์ และทรงทำลายธรรมเนียมปฏิบัติของราชสำนักที่มีมานานนับร้อยปีด้วยการเข้ามามีบทบาทในกิจการของรัฐอย่างเป็นรูปธรรม ทรงอาศัยโอกาสดังกล่าววิพากษ์วิจารณ์สนธิสัญญาต่างๆ อย่างรุนแรงและพยายามเข้าแทรกแซงการสืบทอดตำแหน่งโชกุน ความพยายามของพระองค์มาถึงจุดสูงสุดในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1863 ด้วยการออก "พระราชโองการขับไล่ชาวป่าเถื่อน" (攘夷勅命) ถึงแม้รัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะจะไม่มีความตั้งใจปฏิบัติตามพระราชโองการดังกล่าว แต่อย่างน้อยที่สุดก็ได้จุดประกายให้เกิดการสู้รบต่อต้านตัวรัฐบาลโชกุนเองและต่อต้านชาวต่างชาติที่อยู่ในญี่ปุ่น กรณีดังกล่าวที่มีชื่อเสียงที่สุดคือกรณีการตายของพ่อค้าชาวอังกฤษชื่อ ชาร์ล เลนน็อกซ์ ริชาร์ดสัน อันเกิดจากการถูกกล่าวหาว่าไม่แสดงความเคารพต่อไดเมียวผู้หนึ่ง เป็นเหตุให้รัฐบาลโชกุนต้องชดใช้สินไหมให้แก่รัฐบาลอังกฤษเป็นเงินถึง 100,000 ปอนด์สเตอร์ลิง[1] นอกจากนี้ยังรวมถึงการโจมตีเรือสินค้าต่างชาติที่ชิโมะโนะเซะกิอีกด้วย[2] ส่วนซามูไรไร้นายหรือโรนิน ก็ได้รวมตัวกันเพื่อเป้าหมายคือ การลอบสังหารชาวต่างชาติและข้าราชการของรัฐบาลโชกุน

สิ่งนี้ได้ทำให้จุดสูงสุดของขบวนการ "ซนโนโจอิ" ผ่านพ้นไป เนื่องจากมหาอำนาจชาติตะวันตกได้ตอบสนองด้วยการเรียกร้องค่าปฏิกรรมสงคราม และตามด้วยการระดมยิงถล่มเมืองคะโงะชิมะ เมืองเอกของแคว้นซะสึมะ เมื่อข้อเรียกร้องดังกล่าวไม่มีการตอบสนอง ในขณะที่เหตุดังกล่าวแสดงให้เห็นว่าญี่ปุ่นมิอาจสู้กับอำนาจการทหารของชาติตะวันตกได้ แต่ก็ยังสะท้อนให้เห็นถึงความอ่อนแอของรัฐบาลโชกุนมากยิ่งขึ้น นำไปสู่การกบฏในหัวเมืองพันธมิตรต่างๆ และการสิ้นสุดอำนาจของรัฐบาลในการฟื้นฟูสมัยเมจิ

ตัวคำขวัญ "ซนโนโจอิ" แท้จริงแล้วไม่เคยได้ใช้เป็นนโยบายรัฐบาลหรือกลุ่มกบฏใดๆ เลย เป็นแต่เพียงวาทกรรมอย่างหนึ่งเท่านั้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นซะสึมะนั้นมีความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับชาติตะวันตกจากการซื้ออาวุธยุทโธปกรณ์สมัยใหม่และเทคโนโลยีต่างๆ