ในศตวรรษที่ 8 เมื่อการเมืองการปกครองบนเกาะหลักเริ่มเป็นระเบียบและเรียบร้อย เกาะที่ไม่สามารถเข้าถึงได้จึงถูกใช้เป็นดินแดนสำหรับการเนรเทศ การถูกเนรเทศมายังเกาะซาโดะเป็นโทษที่ร้ายแรงมากรองจากโทษประหารชีวิต บุคคลแรก ๆ ที่ถูกเนรเทศมายังเกาะนี้คือ โฮซูมิ โนะ อาโซมิ โอยุ (ญี่ปุ่น: 穂積朝臣老 โรมาจิ: Hozumi no Asomi Oyu) ซึ่งต้องโทษจากการวิพากษ์วิจารณ์องค์จักรพรรดิ นอกจากนี้ อดีตจักรพรรดิจุนโตกุยังทรงถูกเนรเทศมายังเกาะนี้หลังพ่ายแพ้ในสงครามโจกีวในปีค.ศ. 1221 อดีตจักรพรรดิประทับอยู่บนเกาะนี้ได้ 20 ปีจึงเสด็จสวรรคต

เศรษฐกิจของเกาะซาโดะบูมขึ้นอย่างมากในยุคเอโดะจากการค้นพบแร่ทองคำในปีค.ศ. 1601 ทองคำจากเกาะซาโดะถือเป็นแหล่งรายได้สำคัญของรัฐบาลเอโดะ การขาดแคลนแรงงานเหมืองในศตวรรษที่ 18 ทำให้เกิดคลื่นการอพยพครั้งที่สองมายังเกาะแห่งนี้ และการอพยพครั้งนี้เป็นไปโดยความสมัครใจหาใช่การลงโทษเช่นในอดีต คนที่อพยพมายังเกาะนี้ส่วนใหญ่เป็นคนไร้บ้าน รัฐบาลเอโดะคาดหวังว่าการอพยพครั้งนี้จะเกิดประโยชน์ถึงสามทาง คือทั้งแก้ปัญหาขาดแคลนแรงงานเหมือง แก้ปัญหาคนไร้บ้าน และทำรายได้ให้รัฐบาลมากขึ้น เหมืองซาโดะสามารถผลิตทองคำได้สูงสุดถึงปีละ 400 กิโลกรัม และผลิตเงินในปริมาณพอ ๆ กัน เหมืองซาโดะยุติกิจการในปี ค.ศ. 1989