รัฐบาลเอโดะ (ญี่ปุ่น: 江戸幕府 โรมาจิ: Edo bakufu) หรือ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ (ญี่ปุ่น: 徳川幕府 โรมาจิ: Tokugawa bakufu) เป็นฝ่ายบริหารของประเทศญี่ปุ่นซึ่งใช้ระบอบศักดินา สถาปนาโดยโทกูงาวะ อิเอยาซุ มีผู้ปกครองสูงสุดเป็นโชกุน ซึ่งต้องมาจากตระกูลโทกูงาวะ เท่านั้น ในสมัยที่ประเทศญี่ปุ่นถูกปกครองโดยรัฐบาลโชกุนนั้น จะเรียกว่ายุคเอโดะ ตามชื่อเมืองเอโดะ ซึ่งรัฐบาลโชกุนสถาปนาให้เป็นเมืองหลวงแห่งใหม่ ปัจจุบัน คือกรุงโตเกียว มีปราสาทเอโดะเป็นศูนย์กลางการปกครองตั้งแต่ ค.ศ. 1603 ถึง 1868 จนกระทั่งถูกจักรพรรดิเมจิล้มล้างไปในการฟื้นฟูเมจิหลังจากยุคเซ็งโงกุ หรือยุคไฟสงคราม โอดะ โนบูนางะ และโทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ได้ร่วมกันรวมอำนาจสู่ศูนย์กลาง และตั้งเป็นรัฐบาลกลางขึ้นอีกครั้งในยุคอาซูจิ–โมโมยามะ ซึ่งเป็นยุคสั้น ๆ ก่อนยุคเอโดะ ต่อมา หลังจากยุทธการที่เซกิงาฮาระ ซึ่งเป็นการรบครั้งใหญ่ในค.ศ. 1600 การปกครองและอำนาจทั้งหมด ได้ตกอยู่ในมือของโทกูงาวะ อิเอยาซุโดยเบ็ดเสร็จ และสถาปนาตนเองเป็นโชกุนในปี ค.ศ. 1603 ซึ่งเป็นไปตามประเพณีโบราณ ที่ผู้เป็นโชกุนจะต้องสืบเชื้อสายจากต้นตระกูลมินาโมโตะในยุคของโทกูงาวะ ต่างจากยุคโชกุนก่อน ๆ คือมีการนำระบบชนชั้นที่เริ่มใช้โดยโทโยโตมิ ฮิเดโยชิ มาใช้อีกครั้งอย่างเข้มงวด โดยชนชั้นนักรบ หรือซามูไร อยู่บนสุด ตามด้วยชาวนา ช่างฝีมือ และพ่อค้า การใช้ระบบชนชั้นอย่างเข้มงวดและไม่ยืดหยุ่นได้ทำให้เกิดจลาจลมาตลอดสมัย ภาษีที่เรียกเก็บจากชนชั้นชาวนานั้น อยู่ในอัตราคงที่โดยไม่คำนึงถึงอัตราเงินเฟ้อหรือการเปลี่ยนแปลงอื่น ๆ ของค่าเงิน ส่งผลให้รายได้ภาษีที่เรียกเก็บจากชนชั้นซามูไร ผู้เป็นเจ้าของที่ดินมีมูลค่าลดลงเรื่อย ๆ ตลอดยุค ซึ่งสาเหตุนี้ ก่อให้เกิดการเผชิญหน้าระหว่างซามูไรผู้ทรงเกียรติแต่ฐานะทางการเงินต่ำลงเรื่อย ๆ จากการจ่ายภาษี กับชาวนาผู้มีอันจะกิน เกิดเป็นการปะทะกันหลายต่อหลายครั้งที่เริ่มจากเหตุการณ์เล็ก ๆ ลุกลามเป็นเหตุการณ์วุ่นวาย อย่างไรก็ตาม ไม่มีสิ่งใดเปลี่ยนแปลงระบบสังคมยุคเอโดะได้ ตราบจนการเข้ามาของชาวตะวันตกเมื่อปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 กลุ่มไดเมียวผู้มีอำนาจ เช่น ตระกูลชิมาซุ ได้ร่วมมือกับจักรพรรดิและพระบรมวงศานุวงศ์ ซึ่งในสมัยเอโดะเคยทรงเพียงศักดิ์แต่ไร้อำนาจ เพื่อโค่นล้มระบอบโชกุนในโดยสงครามโบชิน ส่งผลให้เกิดการปฏิรูปเมจิโดยจักรพรรดิเมจิ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะถูกล้มล้างโดยสมบูรณ์ในค.ศ. 1868 โดยมีโทกูงาวะ โยชิโนบุ เป็นโชกุนคนที่ 15 และเป็นโชกุนคนสุดท้ายของญี่ปุ่น จากนั้น ญี่ปุ่นก็เข้าสู่ยุคเมจิ อันมีการฟื้นฟูราชวงศ์มายังเมืองเอโดะ และเปลี่ยนชื่อเป็นกรุงโตเกียวดังเช่นปัจจุบัน